Identification et typage moléculaire des mycobactéries du groupe de la tuberculose

La tuberculose, dont les agents responsables sont les mycobactéries du groupe de la tuberculose, continue ses ravages à travers le monde malgré les médicaments existants et la vaccination. Afin d'en mieux maîtriser l'incidence, il est devenu primordial de progresser au niveau des connaissances bactériologiques et épidémiologiques de cette maladie. En effet, les techniques phénotypiques d'identification des mycobactéries du groupe de la tuberculose actuellement utilisées se révèlent longues et peu discriminantes. De même, les enquêtes épidémiologiques classiques autour des cas de tuberculose ne suffisent plus à assurer un suivi adéquat de ce problème de santé publique. Cependant, l'avancée dans la connaissance du génome de ces espèces a ouvert de nouvelles perspectives. Des régions de différence (RD) caractéristiques des diverses espèces du groupe et des séquences d'insertion (IS) dont le polymorphisme varie en fonction des souches ont été identifiées. Des techniques moléculaires ciblées sur ces zones ont été par conséquent développées. L'identification des souches par amplification de quatre régions de différence a ainsi été testée dans notre laboratoire sur des souches de mycobactéries du groupe de la tuberculose préalablement identifiées phénotypiquement. Cette technique génotypique apparaît plus performante que les techniques phénotypiques, notamment pour l'identification des souches de M. africanum. Cette méthode d'identification rapide et simple, apparaît donc adaptée à une utilisation en pratique courante. D'autre part afin d'envisager une stratégie de suivi épidémiologique accessible à un laboratoire ne possédant pas d'équipements spécifiques, la comparaison de 3 méthodes rapides de typage de M. tuberculosis a été réalisée. La technique " RAPET " (typage épidémiologique rapide par amplification), la LM-PCR (Ligation-mediated PCR) et la technique " GCIS " (typage par amplification des séquences riches en GC et des régions répétées inversées flanquantes de IS6110) ont été étudiées sur des souches sans liens épidémiologiques ainsi que sur des souches suspectes d'appartenir à des mêmes chaînes de transmission. Parmi ces trois méthodes de typage, il apparaît que la technique " RAPET " donne des profils difficilement exploitables et a été ainsi écartée. La LM-PCR apparaît être la méthode la plus discriminante et a permis de confirmer les liens épidémiologiques suspectés. Néanmoins, afin de vérifier la similitude des profils des souches regroupées dans un même cluster à l'issue de la LM-PCR, il semble utile de compléter cette méthode par la technique " GCIS ". Bien que l'interprétation de tels résultats doive toujours être prudente et nécessite de confronter les données épidémiologiques, cliniques et bactériologiques avant toute conclusion définitive, l'application de ces techniques de typage semble assurer un meilleur suivi des transmissions, des réinfections et une meilleure maîtrise des éventuelles erreurs dues à des contaminations dans les laboratoires. Toutefois, dans certaines circonstances, le recours à d'autres méthodes et notamment à la méthode RFLP-IS6110 peut s'avérer indispensable.TOURS-BU Sciences Pharmacie (372612104) / SudocSudocFranceF