Prédiction du pronostic des cancers coliques non métastatiques par les profils d'expression génique

Le but de ce travail était d évaluer les possibilités d utiliser les profils d expression génique fournis par les puces à ADN pour prédire le pronostic des malades opérés d un cancer du côlon de stade II. Quatre études, incluant des prélèvements (tissu tumoral, muqueuse colique saine) effectués chez des malades opérés d un cancer du côlon, ont été réalisées. L hybridation était réalisée sur des oligochips Affymetrix HGU133A. Les méthodes d analyse incluaient la construction d un prédicteur pronostique (gènes informatifs sélectionnés selon leur t-statistics, méthode de classification : technique des plus proches voisins ou analyse diagonale linéaire discriminante) puis l estimation de ses performances par une procédure de validation croisée (leave-one-out, 3-fold, Monte Carlo). Les deux premières études suggèrent la possibilité d utiliser les profils d expression génique de la tumeur, mais aussi ceux de la muqueuse adjacente, pour prédire le pronostic des malades opérés d un cancer du côlon non métastatique. Ce résultat est confirmé, pour les malades opérés d un stade II, par les deux autres études : un prédicteur pronostique de 30 gènes, construit à partir de la tumeur, est associé à une exactitude de 76,3%, une sensibilité de 85,1% et une spécificité de 67,5%); un prédicteur pronostique de 70 gènes, construit à partir de la muqueuse saine, est associé à une exactitude de 81,8%, une sensibilité de 73,0% et une spécificité de 87,1%. La prédiction du pronostic des malades opérés d un cancer du côlon de stade II par l analyse du transcriptome paraît possible. Cela pourrait permettre de guider les indications de chimiothérapie adjuvante. Néanmoins, plusieurs étapes restent à franchir avant une éventuelle utilisation en pratique clinique courante.PARIS-BIUSJ-Thèses (751052125) / SudocPARIS-BIUSJ-Physique recherche (751052113) / SudocSudocFranceF