Conservation of the French populations of the Orsini's meadow viper (multidisciplinary and integrative approach)

La région méditerranéenne est un des 25 points chauds de la biodiversité mondiale. Cette richesse est associée à des milieux semi-naturels façonnés par l'action de l'homme depuis des siècles, notamment par élevage extensif. Depuis la fin du 19ème siècle, la déprise rurale se traduit par l'abandon des pratiques pastorales qui conduit à la dégradation de ces milieux ouverts semi-naturels par embroussaillement et reforestation. Les conséquences de cette modification des habitats sont explorées sur une espèce endémique rare et difficile à détecter, la vipère d'Orsini (Vipera ursinii). Les travaux réalisés montrent que les populations sont fragmentées, isolées les unes des autres, et marquées par une forte structuration spatiale interne. Quatre unités évolutives distinctes sont détectées, représentant chacune une part originale et unique de la variabilité génétique de l'espèce en France dont la perte doit alors être considérée définitive. Nos résultats montrent que la distribution de l'espèce est très peu étendue par rapport aux habitats favorables disponibles. Cette différence ne résulte pas d'un biais lié à la non-détection de l'espèce ni à l'omission d'un paramètre important dans les modèles de distribution mais probablement d'une faible capacité de colonisation des sites devenus favorables après la dernière glaciation. Nous avons montré que les effets des brûlages dirigés menés par les gestionnaires pour entretenir les milieux méditerranéens sont fortement négatifs pour la survie de l'espèce. Enfin l'analyse de la gestion forestière abordée de manière théorique montre le fort potentiel des coupes forestières pour améliorer le statut des populations. Ainsi cette thèse s'est attachée à définir une démarche simple et efficace à adopter pour obtenir une évaluation rapide du statut des populations et des risques d'extinction d'une espèce rare et difficile à observer. Par ailleurs les résultats obtenus sur cette espèce sont de portée générale pour comprendre l'impact de la reforestation à la suite de l'abandon des pratiques pastorales séculaires, des changements climatiques à venir ainsi que celui des modes de gestion actuellement préconisés sur des espèces méditerranéennes à faible capacité de dispersionThe Mediterranean region is one of the 25 hotspots in the world. This biological richness is linked from centuries with human-made seminatural habitats, such as agropastoral grasslands. Since the end of the 19th century, the rural decolonization is followed by land abandonment and that conducts to alteration of seminatural grasslands by encroachment and afforestation. Consequences of this habitat alteration are investigated on a rare endemic species particularly difficult to detect, the Orsini's meadow viper (Vipera ursinii). This study shows that populations are fragmented and isolated, and have a high within spatial structure. Four distinct evolutionary units have been identified, each one representing an original and unit part of the genetic variability of the species in France, whose loss should be considered as definitive. Our results show that the species range is narrow extended compared to suitable habitats. This difference does not result from non detection bias neither missing of an important parameter in using models but rather by a low colonization ability of sites which became favourable after the last glaciation. We showed that prescribed fire effects used to maintain open grasslands are strongly unfavourable to the Orsini's meadow viper. In last, analysis of forest management with theoretical approach showed the strong potentiality of forest cuttings to population status improvement. Thus, this thesis aims to define a simple and effective method to obtain quickly an assessment of populations status and extinction risks of this rare species difficult to detect. In addition results obtained on this species are of broader inferences to understand impact of afforestation due to pastoral abandonment, near-future climatic change and management practice that are currently proposed for Mediterranean species with low dispersal rateMONTPELLIER-BU Sciences (341722106) / SudocSudocFranceF