Bioindicateurs microbiens et biosurveillance des agrosystèmes (cas des sols viticoles)

L'évaluation de l'état biologique des sols est un élément important de jugement de la durabilité des agrosystèmes et des pratiques culturales. Au sein du sol, les micro-organismes représentent des sources potentielles de bioindicateurs/biomarqueurs, permettant la construction de cet indicateur. L'objectif de ce travail est de déterminer parmi les paramètres microbiens caractéristiques de la taille, de l'activité et de la diversité des communautés microbiennes naturelles, des indicateurs les plus susceptibles de donner lieu à des analyses de routine ainsi que leurs domaines de variabilité naturelle respectifs. Dans une première partie, une séparation préalable des corps microbiens combinant une dispersion mécanique dans un milieu chimique dispersant et une séparation densitométrique a été mise au point et permis d'extraire entre 7 et 15% des micro-organismes selon le type de sol. Dans une deuxième partie, de part l'obtention d'une suspension cellulaire purifiée, élargissant les possibilités analytiques aux kits commerciaux d'analyses biochimiques de cultures microbiennes, l'utilisation de techniques spectrophotométriques a permis d'accéder aux caractéristiques microbiennes. Seule, la détermination de la diversité spécifique reste tributaire de techniques moléculaires peu automatisables. Enfin, la variabilité spatiale de ces paramètres microbiens a été étudiée sur une parcelle viticole et comparée à celle de paramètres physico-chimiques du sol, permettant de valider les approches analytiques retenues, de faire apparaître des liens entre variables abiotiques et biologiques, mais surtout de soulever le problème de la taille de l'échantillonnage pour ce qui concerne les variables biologiques.VILLENAVE D'ORNON-Bib. ISVV (335502201) / SudocSudocFranceF