Actinobacteral communities in agricultural soils at sites with occurence of potato common scab.

Tato diplomová práce je zaměřena na prozkoumání vztahů mezi chemickými vlastnostmi, aktinobakteriálními společenstvy zemědělských půd a výskytem obecné strupovitosti, která je způsobena zástupci rodu Streptomyces. Cílem monitorovací studie na třiceti třech lokalitách pokrývajících hlavní pěstitelské oblasti ČR bylo najít závislosti, na jejichž základě lze predikovat výskyt obecné strupovitosti. Další část práce se zabývala srovnáním společenstev aktinobakterií a výskytu streptomycet nesoucích gen txtA (gen biosyntetické dráhy fytotoxinu thaxtominu A) v půdách s vyšším a nižším výskytem strupovitosti. V rámci monitorovací studie byla pro zjištění struktury aktinobakteriálních společenstev využita metoda analýzy polymorfismu délky terminálního restrikčního fragmentu (T-RFLP). V případě půd s odlišným výskytem obecné strupovitosti byla kvantifikace aktinobakterií a streptomycet nesoucích gen txtA provedena metodou PCR v reálném čase. Monitorovací studie ukázala negativní korelace mezi mírou napadení obecnou strupovitostí a (i) obsahem využitelného fosforu v půdě a (ii) diverzitou aktinobakteriálního společenstva. Zjištěné výsledky monitorovací studie byly využity pro tvorbu modelu predikujícího výskyt obecné strupovitosti. Kvantifikace PCR v reálném čase ukázala, že se odlišuje četnost aktinobakterií...The diploma thesis is focussed on understanding relationships between soil chemical characteristics, actinobacterial communities of agricultural field soils and occurrence of potato common scab, a disease caused by members of the genus Streptomyces. The aim of monitoring study, on thirty-three sites covering main potato- growing regions in the Czech Republic, was to find relationships suitable for prediction of common scab severity. The second part of the thesis compared actinobacterial communities and incidence of Streptomyces harboring a pathogenic determinant, gene txtA (gene of biosynthetic pathway of phytotoxin thaxtomin A), in soils differing in occurrence of common scab. In the screening study, analysis of terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) was employed to compare composition of soil actinobacterial communities. Real-time PCR was used to quantify total actinobacteria and streptomycetes harboring txtA gene in soils differing in scab incidence. The screening study revealed negative correlations between the scab severity and (i) available phosphorus in soil and (ii) diversity of actinobaterial community. The results were used to design a model for scab prediction. A qPCR analysis showed difference in numbers of total actinobacteria and the strains harboring txtA gene in...Department of Genetics and MicrobiologyKatedra genetiky a mikrobiologieFaculty of SciencePřírodovědecká fakult