Effet d une boucle interne asymétrique sur la flexibilité de la tige-boucle SL1 de l ARN génomique de VIH-1 (une étude par simulation de dynamique moléculaire)

Le virus responsable du SIDA, VIH-1 est composé de deux molécules d ARN génomique identiques liées de façon non covalente par une région précise de leur extrémité 5 . La tige-boucle SL1 apparaît comme le site d initiation de cette dimérisation. La dimérisation de cette tige-boucle est une étape clé dans le cycle viral et notamment dans la maturation du virion. Lors de cette dimérisation, le dimère de SL1 initialement formé appelé " kissing complex" (KC) se réarrange en un dimère étendu (DE). SL1 est constitué dans sa forme monomérique d une tige-boucle contenant en son sein une boucle interne asymétrique G-AGG. Cette boucle asymétrique semble jouer un rôle biologique prépondérant et sa flexibilité a conduit à la publication de plusieurs structures contradictoires issues de la RMN. La simulation de dynamique moléculaire a été utilisée sur cette tige-boucle SL1 de manière à obtenir davantage d informations sur sa structure. De plus, l influence de la boucle interne sur les différentes formes de SL1 a été étudiée. Notre étude porte donc sur les structures du monomère, du " kissing complex", du dimère étendu mais également sur la transition entre ces deux dernières structures. On a pu montrer que la boucle apicale influence fortement la stabilité du monomère et en particulier la boucle G-AGG. De plus, les deux adénines adjacentes de la boucle apicale, dans le KC, sont animées d une importante dynamique, ce qui explique les structures différentes proveneant de la RMN et de la cristallographie aux rayons X. Enfin, la transition, bien que compliquée à mettre en œuvre, a permis de mettre en évidence une structure intermédiaire appelée UU.ORLEANS-BU Sciences (452342104) / SudocSudocFranceF