Caractérisation génétique et biochimique de glycosidases de la bactérie pathogène des plantes Dickeya dadantii

Parmi les bactéries pathogènes, les entérobactéries occupent une place particulière du fait de leur facilité d étude génétique et de leur grande diversité d hôtes. Dickeya dadantii est une bactérie pathogène des plantes, responsable de pourriture sur de nombreux végétaux en culture ou lors de leur stockage. Sa virulence est principalement due à la sécrétion d enzymes dégradant la paroi végétale. Ce travail de thèse a porté sur la caractérisation génétique et biochimique de glycosidases de D. dadantii afin de comprendre leur importance dans la dégradation des tissus végétaux. Dans ce travail, nous avons montré que D. dadantii est capable d'utiliser le saccharose, le raffinose, ou le mélibiose comme seule source de carbone pour sa croissance grâce aux deux clusters de gènes scrKYABR et rafRBA, incluant les glycosidases RafA (a-galactosidase, famille GH36) et ScrB (sucrose hydrolase, famille GH32). Le cluster raf permet le catabolisme du mélibiose. Le catabolisme du raffinose nécessite deux étapes supplémentaires fournies par les gènes scrY et scrB. En outre, nous avons caractérisé et analysé deux autres gènes. D une part, le gène bgxA code une b-D-glucosidase/b-xylosidase (famille GH3). Ce gène est induit en présence de sucres et acides phénoliques. D autre part, le gène xydA code une enzyme à activité a-L-arabinopyranosidase (famille GH43). Ce gène est induit en présence de xylose. Les résultats obtenus suggèrent que BgxA et XydA sont impliquées dans la dégradation de composés végétaux. La mise en évidence de nouvelles enzymes impliqués dans la pathogénie des bactéries envers leurs hôtes ouvrirait la voie à la recherche de stratégies de lutte contre les phytopathogènes.Enterobacteriaceae are of particular interest among pathogenic bacteria, because of their suitability for genetic studies and their wide range of hosts. Dickeya dadantii is a plant pathogenic bacterium , causing soft rot diseases in a wide range of plant species in culture or during storage. Its virulence is mainly due to the secretion of plant cell wall degrading enzymes. This thesis has focused on genetic and biochemical characterization of D. dadantii glycosidases to understand their importance in the degradation of plant tissues. In this work, we showed that D. dadantii is able to utilize sucrose, raffinose, or melibiose as sole carbon sources for growth. This ability is due of the presence of two gene clusters, scrKYABR and rafRBA, including the glycosidases RafA (a-galactosidase, GH36) and ScrB (sucrose hydrolase, family GH32). The cluster raf allows catabolism of melibiose. Raffinose catabolism requires two additional steps provided by the genes scrY and scrB. In addition, two other genes were analyzed and characterized. On one hand, bgxA encodes a b-D glucosidase/b-xylosidase of the family GH3. This gene is induced in the presence of phenolic sugars and acids On the other hand, XydA encodes an a-L-arabinopyranosidase of the family GH43. This gene is induced in the presence of xylose. The results suggest that BgxA and XydA are involved in the degradation of plant compounds. Identification of new enzymes involved in the pathogenesis of bacteria towards their hosts could open the way for research strategies to fight plant pathogens.VILLEURBANNE-DOC'INSA LYON (692662301) / SudocVILLEURBANNE-DOC'INSA-Bib. elec. (692669901) / SudocSudocFranceF