Greenhouse gas emissions from organic and conventional cattle slurry tanks: poster

The evolution of the dominant microbial community of a pig slurry was followed in a pig farm during 6 months. Sampling was carried out on all the different management steps of effluent : faeces, storage tank, lagoon of storage and soil before and after slurry spreading. Total DNA of these various samples were extracted and analyzed by PCR-SSCP, in particular for the archaea and bacteria domain and for specific bacterial groups. This study shows first a relative stability in time of the microbial populations met in the stored pig slurry. However, migration of this effluent through different environments (e.g. digestive tract - to storage tank) modify the microbial community probably to the profit of better adapted species. Lastly, micro-organisms present in the effluent could not be detected any longer in soil after spreading, using the SSCP technique. The dominant archaea of the flora of faeces and pig slurry were identified. They belong to genus Methanosphaera, Methanobrevibacter and Methanogenium, all hydrogenotrophic achaea methanogens. No aceticlastic archaea methanogen were found, in spite of the strong acetate content measured in pig slurry. SSCP bacteria profiles obtained reflect a large bacterial diversity where 9 dominant phylotypes can be characterized. Due to the complexity of obtained profiles, bacteria genders were grouped by targeting three dominant bacterial groups such as Clostridiacea, Bacillus-Streptococcus-Lactobacillus and Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides. Identification of dominant phylotypes was carried out for these 3 groups. The majority of identified phylotypes are close to uncultivated bacteria. With these results, identification of 5 of the 9 dominant bacterial phylotypes of pig slurry was carried out. Bacteria mostly represented in this ecosystem corresponds to bacteria not cultivated yet closely related to Clostridium butyricum and four other are close to uncultivated bacteria belonging to genus Prevotellaceae, Bacteroidaceae and Streptococcaceae.L`évolution de la communauté microbienne majoritaire d`un lisier a été suivie dans un élevage de porcs pendant une période de 6 mois. Des prélèvements ont été réalisés sur toute la filière de gestion des déjections : fèces, fosse de stockage, lagune de stockage et sol avant et après épandage. Les ADN totaux de ces différents échantillons ont été extraits et analysés par PCR-SSCP, notamment pour les domaines archaea et eubacteria ainsi que pour des groupes bactériens majoritaires. Le suivi montre une stabilité dans le temps des populations microbiennes rencontrées dans le lisier stocké. En revanche, le passage de l`effluent dans un environnement différent (ex. du tube digestif - à la fosse de stockage) s`accompagne d`une modification de la communauté microbienne probablement au profit des espèces les mieux adaptées. Enfin, les micro-organismes présents dans l`effluent ne sont plus décelables dans le sol après épandage avec la technique SSCP. Les archaea dominantes de la flore des fèces et du lisier ont été identifiées, elles appartiennent aux genres Methanosphaera, Methanobrevibacter et Methanogenium, archaea méthanogènes hydrogénophiles. Aucune archaea méthanogène acétoclaste n`a été retrouvée dans la filière, malgré la forte teneur en acétate mesurée dans le lisier. Pour les eubactéries, les profils SSCP obtenus reflètent une forte diversité bactérienne où 9 phylotypes dominants peuvent être caractérisés. Etant donné la complexité des profils obtenus, un découpage de ces profils a été réalisé en ciblant trois groupes bactériens a priori dominants tels que Clostridiacea, Bacillus-Streptococcus-Lactobacillus et Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides. L`identification des phylotypes majoritaires a été réalisée pour ces 3 groupes. La majorité des phylotypes identifiés sont proches de bactéries non cultivées. En recoupant les données, l`identification de 5 des 9 phylotypes bactériens dominants du lisier a été réalisée. La bactérie la plus représentée dans cet écosystème correspond à une bactérie non cultivée proche de Clostridium butyricum. Les quatre autres majoritaires sont proches de bactéries non cultivées appartenant au familles Prevotellaceae, Bacteroidaceae et Streptococcaceae