Literature review: detection techniques for the SARS-CoV-2

[Resumen]: El SARS-CoV-2 apareció en Wuhan (provincia de Hubei, China) a finales de diciembre de 2019. Este nuevo virus es el causante de la enfermedad infecciosa del síndrome respiratorio agudo severo altamente transmisible conocida hoy en día como COVID-19. Los coronavirus pertenecen a la subfamilia Orthocoronavirinae en la familia Coronaviridae del orden Nidovirale, y el SARSCoV-2 en concreto pertenece al género Beta-coronavirus. El presente trabajo tiene como finalidad determinar las características de las diferentes técnicas empleadas en la actualidad para la detección del SARS-CoV-2 mediante la descripción de las mismas, así como conocer diversas alternativas que se encuentran bajo investigación y determinar las ventajas e inconvenientes de cada una de ellas a la hora de emitir un diagnóstico. Para ello, se realizó una búsqueda exhaustiva de artículos científicos en diferentes bases de datos así como páginas webs y libros generales del tema a abordar. La infraestructura sanitaria y la capacidad de proporcionar un diagnóstico rápido han surgido como cuestiones indispensables para contener el nuevo brote de SARS-CoV-2. Actualmente la técnica estándar empleada es la RT-qPCR, basada en la detección del material genético. Esta presenta una gran sensibilidad y especificidad, aunque el tiempo hasta la obtención de los resultados es relativamente largo. Al mismo tiempo se están utilizando test rápidos de detección de anticuerpos de flujo lateral tanto para emitir un diagnóstico como para realizar estudios de seroprevalencia. Los test rápidos de detección de antígenos de flujo lateral fueron descartados por su baja sensibilidad y nuevos test de su misma índole se encuentran en fase de desarrollo. Al mismo tiempo multitud de grupos de investigación trabajan en el diseño de nuevas técnicas. A día de hoy la mejor forma de detectar el virus es mediante la combinación de la RT-qPCR y los test serológicos rápidos. Mientras, se esperan nuevos avances tecnológicos a corto plazo.[Resumo]: SARS-CoV-2 apareceu en Wuhan (provincia de Hubei, China) a finais de decembro de 2019. Este novo virus é a causa da enfermidade infecciosa do síndrome respiratorio agudo grave altamente transmisible hoxe coñecida como COVID-19. Os coronavirus pertencen á subfamilia Orthocoronavirinae da familia Coronaviridae do orde Nidovirale, e o SARSCoV-2 en concreto pertence ao xénero Beta-coronavirus. O obxectivo deste traballo é determinar as características das diferentes técnicas empregadas actualmente para detectar o SARS-CoV-2 describíndoas, así como coñecer varias alternativas que están a investigarse e determinar as vantaxes e os inconvenientes de cada un deles ao facer un diagnóstico. Para iso, realizouse unha rigurosa busca de artigos científicos en diferentes bases de datos, así como en páxinas web e libros xerais sobre o tema a tratar. A infraestrutura sanitaria e a capacidade de diagnóstico rápido xurdiron como preguntas indispensables para conter o novo brote de SARS-CoV-2. Na actualidade a técnica estándar empregada é RT-qPCR, baseada na detección de material xenético que conta cunha gran sensibilidade e especificidade, aínda que o tempo para obter os resultados é relativamente longo. Ao mesmo tempo, estanse a facer probas rápidas de detección de anticorpos de fluxo lateral tanto para facer un diagnóstico como para realizar estudos de seroprevalencia. Descartáronse as probas rápidas de detección de antíxenos de fluxo lateral debido á súa baixa sensibilidade e novas probas da mesma natureza están en fase de desenvolvemento. Ao mesmo tempo, multitude de grupos de investigación están a traballar no deseño de novas técnicas. A mellor forma de detectar o virus a día de hoxe é combinando RT-qPCR con probas serolóxicas rápidas. Mentres tanto, espéranse novos avances tecnolóxicos a curto prazo.[Abstract]: The SARS-CoV-2 appeared in Wuhan (Hubei Province, China) in late December 2019. This new virus is the cause of the highly contagious severe acute respiratory syndrome infectious disease known today as COVID-19. Coronaviruses belong to the subfamily Orthocoronavirinae in the family Coronaviridae of the order Nidovirale, and SARSCoV-2 in particular belongs to the genus Betacoronavirus. The present work aims to determine the characteristics of the different techniques currently used for the detection of SARS-CoV-2 by describing them, as well as to know several alternatives that are under investigation and to determine the advantages and disadvantages of each of them when making a diagnosis. For this purpose, an exhaustive search of scientific articles in different databases as well as web pages and general books on the subject to be addressed was carried out. Health infrastructure and the ability to provide a rapid diagnosis have emerged as indispensable issues to contain the new outbreak of SARS-CoV-2. Currently the standard technique used is RTqPCR, based on the detection of genetic material. It has a high sensitivity and specificity, although the time to obtain the results is relatively long. At the same time, rapid lateral flow antibody detection tests are being used both to make a diagnosis and to carry out seroprevalence studies. Rapid tests for the detection of lateral-flow antigens were discarded because of their low sensitivity and new tests of the same kind are in development. At the same time, many research groups are working on the design of new techniques. Nowadays the best way to detect the virus is by combining RT-qPCR and rapid serological tests. Meanwhile, new technological advances are expected in the short term.Traballo fin de grao (UDC.CIE). Bioloxía. Curso 2019/202