Genetic diversity of the Colombian Creole Sheep by using the single nucleotide polymorphisms (SNP) molecular marker

The aim of this study was to genetically characterize the population of the Colombian Creole Hair Sheep (CCHS) from two geographical areas of the country, the Piedemonte Llanero (PDML) and the Interandine Valleys of the Magdalena River (VIRM). Muscle samples were taken and DNA was extracted using the phenol chloroform isoamyl methodology. Genotyping was done with the OvineSNP50 BeadChip Data Sheet. The genotypes were analysed with the PLINK v.1.9 software for relationships of consanguinity and kinship. Statistical analyses of the data were performed using the “genepop” and “adegenet” packages of the R software. The results showed an expected heterozygosity of 0.374 for the CCHS, while it was 0.357 for the PDML area and 0.396 for the VIRM zone. The values ​​for the parameters of the consanguinity coefficient (Fis and Fit) were positive for the population and subpopulations, proving the existence of consanguinity. The value for the Fst was 0.042 among subpopulations defined as geographical areas (p<0.001), which suggests that the population analysed corresponds to two breed groups. This is supported by the analysis of principal components where there is evidence of a tendency of isolation among individuals for each geographical area. In conclusion, it is valid to say that the genetic diversity of the population of Colombian Creole Hair Sheep, compared to other sheep breeds worldwide, is high.El estudio tuvo como objetivo caracterizar genéticamente la población de Ovinos Criollos de Pelo Colombiano (OCPC) de dos zonas geográficas del país, el Piedemonte Llanero (PDML) y los Valles Interandinos del Río Magdalena (VIRM). Se tomaron muestras de músculo para la extracción de ADN mediante la metodología fenol cloroformo isoamílico. El genotipado se hizo con el OvineSNP50 BeadChip Data Sheet. Los genotipos fueron analizados con el software PLINK v.1.9 en busca de relaciones de consanguinidad y parentesco. Los análisis estadísticos de los datos se realizaron con el uso de los paquetes “genepop” y “adegenet” del software R. Los resultados mostraron una heterocigosidad esperada de 0.374 para el OCPC, mientras que fue de 0.357 para la zona de PDML y de 0.396 para la zona de VIRM. Los valores para los parámetros del coeficiente de consanguinidad (Fis y Fit) fueron positivos para la población y las subpoblaciones, demostrando la existencia de consanguinidad. El valor para el Fst fue de 0.042 entre subpoblaciones definidas como zonas geográficas (p<0.001), lo que sugiere que la población analizada corresponda a dos grupos raciales. Esto es apoyado con el análisis de componentes principales donde se evidencia una tendencia de aislamiento entre los individuos para cada zona geográfica. En conclusión, se puede afirmar que, la diversidad genética de la población de Ovino Criollo de Pelo Colombiano, comparada con otras razas ovinas a nivel mundial, es elevada