Literature Mining in Molecular Biology

Literature mining is the process of extracting and combining facts from scientific publications. In recent years, many studies have resulted in computer programs to extract various molecular biology findings using Medline abstracts or full text articles. This article describes the range of techniques that have been applied in literature mining. In doing so, it divides automated reading into four general subtasks: text categorization, named entity tagging, fact extraction and collection-wide analysis. Special attention is given to the domain particularities of molecular biology.L'analyse documentaire consiste \ue0 recueillir et \ue0 regrouper des donn\ue9es tir\ue9es de publications scientifiques. Ces derni\ue8res ann\ue9es, de nombreuses \ue9tudes ont d\ue9bouch\ue9 sur la cr\ue9ation de programmes informatiques servant \ue0 relever dans les sommaires et les articles complets de Medline divers r\ue9sultats de biologie mol\ue9culaire. Le pr\ue9sent article porte sur l'\ue9ventail des techniques utilis\ue9es en analyse documentaire. \uc0 cet \ue9gard, les auteurs divisent la lecture automatique en quatre grandes t\ue2ches secondaires : la cat\ue9gorisation des textes, l'\ue9tiquetage des entit\ue9s nomm\ue9es, l'extraction des faits et l'analyse \ue0 l'\ue9chelle de la collection. Enfin, on accorde dans l'article une place importante aux particularit\ue9s de la discipline de la biologie mol\ue9culaire.NRC publication: Ye