Hierarchical Text Categorization as a Tool of Associating Genes with Gene Ontology Codes

A great deal of genomics information accumulated through years is available nowadays in on-line text repositories such as Medline. These resources are essential for biomedical researchers in their everyday activities on planning and performing experiments and verifying the results. However, these resources do not still provide adequate mechanisms for retrieving the requisite information. We propose a new tool for assisting biologists with literature search for the task of associating genes with Gene Ontology codes. Unlike previous research, we design the hierarchical text categorization framework to address this problem. The hierarchical approach helps visualize the results, address the scalability issue, improve classification accuracy and trade off between precision and recall.De nos jours, une grande quantit\ue9 d'information accumul\ue9e au fil des ans en g\ue9nomique est disponible dans des r\ue9f\ue9rentiels texte en ligne comme Medline. Ces ressources sont essentielles aux chercheurs en biom\ue9decine dans leurs activit\ue9s quotidiennes de planification et d'ex\ue9cution d'exp\ue9riences et de v\ue9rification de r\ue9sultats. Cependant, elles n'offrent pas encore de m\ue9canisme ad\ue9quat pour extraire l'information n\ue9cessaire. Nous proposons un nouvel outil destin\ue9 \ue0 aider les biologistes \ue0 explorer la litt\ue9rature en vue d'associer des g\ue8nes \ue0 des codes de la Gene Ontology. \uc0 la diff\ue9rence d'une recherche ant\ue9rieure, nous choisissons d'aborder ce probl\ue8me en concevant un cadre de cat\ue9gorisation hi\ue9rarchique de texte. L'approche hi\ue9rarchique aide \ue0 visualiser les r\ue9sultats, elle est \ue9volutive, elle am\ue9liore l'exactitude de la classification et elle constitue un bon compromis entre pr\ue9cision et rappel.NRC publication: Ye