Molecular typing of non-fermentative gram-negative bacilli: comparison and application of different techniques

OBJETIVOS: (a) Avaliar tres tecnicas para a tipagem molecular de bacilos Gram-negativos nao-fermentadores (BGN-NF) isolados na America Latina (AL); (b) propor modificacoes na tecnica PFGE para bacterias sensiveis a degradacao do DNA; e (c) avaliar a aplicabilidade destas tecnicas de tipagem molecular em estudos longos de epidemiologia hospitalar. METODOS: Tres colecoes diferentes de bacterias foram avaliadas. Primeiro foi estudado um grupo de 126 BGN-NF (64 P. aeruginosa, 42 A. baumannii e 20 S. maltophifa) isolados do sangue de pacientes atendidos em 10 centros medicos localizados na AL no ano de 1998 e. de pacientes atendidos no Hospital São Paulo (HSP) entre os anos de 1999 e 2001. Todos estes isolados clinicos foram submetidos a tipagem molecular pelas tecnicas ribotipagem automatizada, PFGE e ERIC-PCR. O poder discriminatorio (PD) de cada tecnica foi calculado utilizando a formula de Hunter. Um segundo grupo de amostras bacterianas foi composto por 66 isolados clinicos sensiveis a degradacao do DNA pela tecnica PFGE e incluiu as seguintes especies: E. coli (22 amostras), K. pneumoniae (4 amostras), E. cloacae (2 amostras), S. marcescens (12 amostras), P. aeruginosa (17 amostras), Acinetobacter spp. (5 amostras) e Salmonella spp. (4 amostras). Todas as 66 amostras foram submetidas a tipagem molecular pela tecnica PFGE, sendo que a eletroforese foi realizada com e sem a adicao de tiourea no tampao de corrida TBE. Um terceiro grupo incluiu 26 isolados clinicos de P. aeruginosa resistentes ao imipenem (PARI), isolados de pacientes atendidos no HSP durante um periodo de 6 anos (1997 a 2002). Todas as amostras eram representantes de feridas cirurgicas e foram submetidas a tipagem molecular utilizando as tecnicas PFGE e ribotipagem automatizada. RESULTADOS: Todas as amostras pertencentes ao primeiro grupo foram tipaveis pelas tecnicas ERIC-PCR e ribotipagem automatizada e duas (1,6 por cento) amostras nao foram tipaveis pela tecnica PFGE. As tres tecnicas apresentaram 100 por cento de reprodutibilidade. O tempo necessario para realizacao da ribotipagem automatizada e ERIC-PCR foram menores quando comparados com o tempo necessario para realizacao do PFGE. O ERIC-PCR e o PFGE apresentaram custo mais baixo que a ribotipagem automatizada; no entanto, a interpretacao dos resultados pelo ERIC-PCR foi mais dificil. As tres tecnicasa(AU)BV UNIFESP: Teses e dissertaçõe