Molecular dynamics: theory and applications in drug design

Dinâmica Molecular (DM) é uma ferramenta computacional poderosa usada em Química Medicinal para o planejamento racional de fármacos. DM é uma extensão da Mecânica Molecular, onde o comportamento dinâmico de um sistema molecular é simulado através da integração numérica das equações de movimento. Esta técnica tem sido usada extensivamente para auxiliar e complementar o planejamento de novos ligantes de um alvo terapêutico, bem como estimar a sua potência. Este artigo enfoca a teoria básica da DM clássica e suas importantes aplicações no planejamento racional de potenciais compostos bioativos, particularmente compostos com atividade anti-HIV.Molecular dynamics (MD) is a powerful computational tool used for rational drug design in medicinal chemistry. MD is an extension of Molecular Mechanics, where the dynamic behavior of a molecular system is simulated through numerical integration of the equations of motion. This approach has been extensively used to aid and complement the design of novel ligands to a therapeutic target as well as to estimate their potency. Our review focuses on the basic theory of classical MD and their important applications in rational drug design of potential bioactive compounds, particularly anti-HIV compounds