Etude fonctionnelle et cibles d'un ARN régulateur exprimé par le pathogène humain Staphylococcus aureus et impliqué dans l'internalisation des bactéries par les cellules humaines

Staphylococcus aureus is an important human pathogen responsible for a wide spectrum of both hospital- and community-acquired infections, making it a major public health issue worldwide. The transition from commensalism to pathogenicity is governed by a fine regulation of genes expression. Beside transcription factors, regulatory RNAs play a key role in this regulation. This thesis focuses on the study of one of them, Srn_3610_SprC, which is known to be involved in virulence and bacterial internalization by human macrophages. For a better understanding if its role and function, we implemented the MAPS technology and identified three mRNA: czrB, deoD and agrB. The characterization of the interaction between SprC and czrB revealed a negative regulation of SprC on the czrAB operon through modification of the RNA stability. This mechanism of regulation leads to a decrease in the resistance of S. aureus to zinc. Zinc belongs to the antibacterial strategies implemented by human cells. In addition to the depiction of regulation by Srn_3610_SprC, we developed a protocol for the extraction of bacterial RNAs after internalization by macrophages. This novel method allowed the study of the role of czrAB operon in the internalization and intracellular survival of S. aureus. We showed that it was highly over-expressed in an intracellular context. Therfore, the negative regulation of SprC onto czrB expression could explain the decrease in the survival of S. aureus within macrophages.Staphylococcus aureus est un pathogène humain important responsable d’un large spectre d’infections communautaires et nosocomiales faisant de lui un problème majeur de santé publique dans le monde. Le passage de commensalisme à la pathogénie est régi par la régulation fine de l’expression des gènes. En plus des facteurs de transcription, les ARNs régulateurs jouent également un rôle clé dans cette régulation. Cette thèse s’intéresse plus particulièrement à l’étude de l’un d’entre eux, le srn_3610_sprC, dont l’implication dans la virulence et dans l’internalisation des bactéries par les macrophages humains a été démontrée. Dans le but de mieux comprendre ces effets, nous avons mis en place la technique MAPS et identifié trois ARNm : czrB, deoD et agrB. La caractérisation de l’interaction entre SprC et czrB a révélé une régulation négative de SprC sur l’opéron czrAB par modification de la stabilité de l’ARN. Ce mécanisme de régulation conduit à une diminution de la résistance de S. aureus au zinc. Le zinc fait partie des stratégies antibactériennes mises en œuvre par les cellules humaines. En plus de la description de la régulation par Srn_3610_SprC, nous avons développé un protocole pour l’’extraction des ARNs bactériens après internalisation par les macrophages. Cette nouvelle méthode a permis d’étudier l’implication de l’opéron czrAB dans l’internalisation et la survie intracellulaire de S. aureus. Nous avons ainsi pu montrer qu’il était fortement surexprimé dans un contexte intracellulaire. Ainsi, la régulation négative de SprC sur l’expression de czrB pourrait expliquer la diminution de la survie de S. aureus au sein des macrophages