Diversité phénotypique et moléculaire d'isolats urinaires de Pseudomonas aeruginosa

The aim of this study was to explore phenotypic (antimicrobial resistance) and genetic diversity (MultiLocus Sequence Typing and Whole Genome Sequencing) of P. aeruginosa urinary isolates. Thus, we have studied (i) within-sample diversity (several isolates analyzed per urine sample) of urinary isolates collected from 120 patients with urinary tract infection (40) or asymptomatic bacteriuria (80), and (ii) P. aeruginosa within-host evolution for 7 patients with successive urine samples (from 48 to 488 days apart). Even though patients were mostly colonized or infected by a given clone, this is the first study to identify within-sample phenotypic (28% of patients) and genotypic (4% of patients) diversity, and thus polyclonal bacteriuria. P. aeruginosa adaptation to the urinary tract was mostly driven by mutations and/or large genomic deletions, particularly in genes encoding transcriptional regulators, two component systems and carbon compound catabolism. Genomic adaptation was associated with phenotypic changes in terms of biofilm formation and fitness.Thus, phenotypic and genetic within-host diversity should be taken into account in the diagnosis and treatment of P. aeruginosa urinary tract infections.Nos travaux ont exploré la diversité phénotypique (sensibilité aux antibiotiques) et génétique (MultiLocus Sequence Typing et Whole Genome Sequencing) d’isolats urinaires de P. aeruginosa. Nous avons étudié la diversité intra-prélèvement, via l’étude de multiples isolats par échantillon collectés chez 120 patients présentant une infection urinaire (40) ou une bactériurie asymptomatique (80) à P. aeruginosa. En parallèle, la diversité au cours du temps a été étudiée chez des isolats collectés chez 7 patients sur une période de 48 à 488 jours. Les patients étaient le plus souvent colonisés ou infectés par un seul génotype ou clone type, bien qu’une diversité phénotypique (28% des patients) et génotypique (4% des patients) ait été identifiée pour la première fois au sein d’un même prélèvement, à l’origine d’infections ou de colonisations polyclonales. Par ailleurs, des mutations et/ou de larges délétions génomiques ont été identifiées au cours du temps, principalement au sein de gènes codant des régulateurs transcriptionnels, des systèmes à deux composants ou impliqués dans le catabolisme du carbone. En parallèle des changements génomiques, des modifications phénotypiques affectant le fitness et la capacité des isolats à former du biofilm ont été observées. Ainsi, la diversité phénotypique et génétique intra-hôte doit être prise en compte pour parfaire le diagnostic et le traitement des infections urinaires à P. aeruginosa