De l’Acquisition des Données de Puces à ADN vers leur Interprétation : Importance du Traitement des Données Primaires

Bioinformatic tools have become essential for microarray processing. From raw dataextraction by image analysis software to the research of molecular networks via datanormalization and validation, mathematical and statistical methods are crucial. This workdeals with the performance of microarray image analysis software, with metrology and thetransformation of raw microarray data to consolidated gene expression data matrices. A Webservice, MADSCAN (MicroArray Data Suite of Computed Analysis) has been developed toprocess raw expression data. This tool filters, normalizes, and statistically validates raw data.The next challenges are the analysis (molecular marker identification, classificationapproaches) and the integration of expression data with metadata (ontology, literature…) for abetter understanding of gene mechanisms.Les outils bio-informatiques sont devenus indispensables aux traitements et à l’analyse desdonnées de puces à ADN. De l’extraction des données primaires par les logiciels d’analysed’images à la recherche des réseaux moléculaires en passant par la normalisation et lavalidation des données, les méthodes mathématiques et statistiques sont incontournables. Cetravail s’intéresse aux méthodes d’analyse d’images des puces à ADN, à la métrologie et à latransformation des données primaires en données « consolidées ». Au cours de cette étude, unservice Web nommé MADSCAN (MicroArray Data Suite of Computed Analysis) a étédéveloppé pour traiter les données primaires d’expression. Cet outil permet de filtrer,normaliser et valider statistiquement les données primaires. Les enjeux suivants sont l’analyse(mise en évidence des gènes d’intérêts, méthodes de classifications) et l’intégration desdonnées d’expression avec les méta-données (ontologies, littérature…) pour une meilleurecompréhension des mécanismes de fonctionnement des gènes