Genotyping of blueberry (Vaccinium L.) cultivars, using microsatellite markers

Vytauto Didžiojo universiteto Kauno botanikos sodo kolekcijoje sukauptas didžiulis Vaccinium L. genties genofondas. Svarbu rasti molekulinius žymenis, kurie leistų identifikuoti šių uogakrūmių veisles. Mūsų tyrimo tikslas – genotipuoti 9 sodinės šilauogės veisles ir 3 selekcinius numerius iš Vytauto Didţžojo universiteto Kauno botanikos sodo kolekcijos, panaudojant molekulinius žymenis. Palyginimui paimti ir laukiniai šilauogių pavyzdžiai. Panaudojus APPD pradmenis OPA-4, OPA-5, OPA-7, OPA-9, OPA-10, OPA-17 ir OPA-20 genetinė tirtų šilauogių įvairovė nenustatyta. Su mikrosatelitiniais pradmenimis VCC_J9, CA112F, NA800, NA1040, CA483, CA794, CA421F, CA169F ir VCC_S10 gauti 72 skirtingi aleliai, pagal kuriuos vykdytas genotipavimas. Gautas alelių skaičius svyravo nuo 4 iki 13 per pradmenį. Amplifikacijai panaudojus 7 mikrosatelitinius pradmenis, pagausinančius po 1 lokusą, vidutiniškai gauta po 6 alelius. Panaudojus mikrosatelitinį pradmenį VCC_S10, 15 tirtų pavyzdžių aiškiai atsiskyrė pagal specifinius spektrus (genospaudžius). Mažiausiai specifinių spektrų gauta su CA112F ir CA169F pradmenimis. Daugiausiai unikalių alelių iš visų tirtų šilauogių pavyzdžių nustatyta veislėje ‘Weymouth’, o ‘Brunswick’, ‘Nothblue’, ‘Bluetta’, V. myrtilloides ir V. angustifolium pavyzdžiuose nenustatytas nei vienas unikalus alelis. Veislėje ‘Northland’ su CA483F pradmeniu, o veislėje ‘Aron’ su pradmeniu CA169F neaptiktas nei vienas alelis. Su tirtais mikrosatelitiniais pradmenimis selekciniame numeryje Nr. 16 nustatyti 2 unikalūs aleliai, o Nr. 11 ir Nr. 17 – nei vieno. Pagal tirtus mikrosatelitinius pradmenis veislė ‘Northcountry’ genetiškai artimesnė selekciniam numeriui Nr.16 nei Nr. 17.The collection of Kaunas botanical garden of Vytautas Magnus university possesses a great genofond of genus Vaccinium L. It is important to find molecular markers for identification of blueberry cultivars. The aim of our study was to genotype 9 blueberry cultivars and 3 selection numbers from Kaunas botanical garden of Vytautas Magnus university, using different molecular markers. Three wild accessions were used for comparison. Genetic diverstity of blueberries was not determined with RAPD primers OPA-4, OPA-5, OPA-7, OPA-9, OPA-10, OPA-17 ir OPA-20. Seventy two different alleles were detected and unique fingerprints were generated for all accessions with nine microsatellite primers VCC_J9, CA112F, NA800, NA1040, CA483, CA794, CA421F, CA169F ir VCC_S10. The allele number ranged from 4 to 13 per primer. Seven single-locus primers amplified an average of 6 alleles. VCC_10 generated 15 unique fingerprints. The least number of unique fingerprints were generated with primers CA112F and CA169F. Cultivar ‘Weymouth’ had the biggest number of unique alleles, while no unique alleles were detected in ‘Brunswick’, ‘Nothblue’, ‘Bluetta’, V. myrtilloides and V. angustifolium. Two unique alles were amplified in a selection number Nr. 16, while no unique alleles were amplified in Nr. 11 and Nr. 17. No alleles were detected in cultivar ‘Northland’ with primer CA483F, as well as in ‘Aron’ with primer CA169F. Data obtained from 9 microsatellite primer pairs showed that cultivar ‘Northcountry’ was genetically more similar to selection number Nr. 16 than Nr. 17.Vytauto Didžiojo universiteta