The Great cormorant (Phalacrocorax carbo) genetic diversity in Lithuania

Didžiojo kormorano (Phalacrocorax carbo) skirtingų populiacijų tyrimui naudotas genominės DNR metodas. Darbo tikslas – įvertinti didžiojo kormorano (Phalacrocorax carbo) genetinę įvairovę Lietuvoje. Iš viso buvo surinkti ir apdoroti 147 individai, medžiagą rinko ornitologai S. Rumbutis ir D. Dementavičius. Medžiaga surinkta iš Juodkrantės, Drūkšių ežero, Lukšto ežero, Elektrėnų marių ir iš Briedžių salos. Tyrimams buvo atrinkti 96 individai. DNR skirta pagal Ambrasienės (2008) metodiką. Vienos polimerazinės grandininės reakcijos (PGR) galutinis tūris 25 μl (21 μl Mix + 4 μl DNR). DNR fragmentų padauginimui parinktos tinkamiausios anilinimos temperatūros: 48 °C (PcD4 ir PcD6 žymenims) ir 50 °C (PcD2, PcT1, PcT3 ir PcT4 žymenims). PGR produktai frakcionuoti vertikaliame 6 % ir 8 % akrilamido gelyje, priklausomai nuo žymens ilgio. Duomenų vertinimas buvo atliktas su GenAlEx 6.5 programa. Naudojant mikrosatelitinius žymenis įvertintas didžiojo kormorano polimorfizmo lygis populiacijoje, lygus 100 %. Nustatyti genetiniai įvairovės parametrai: vidutinis alelių skaičius lokuse (Na),vidutinis efektyvių alelelių skaičius lokuse (Ne), stebėtinas heterozigotiškumas (Ho), tikėtinas heterozigotiškumas (He) ir inbrydingo koeficientas, (Fis). Atlikus molekulinės įvairovės analizę (AMOVA) nustatyta, kad tarppopuliacinė įvairovė svyravo nuo 0 iki 13 %. Nustatyti tinkamiausi mikrosatelitiniai žymenys didžiųjų kormoranų tarppopuliacinės įvairovės vertinimui - PcD2, PcD4 ir PcD6. Didžiausias genetinis atstumas nustatytas tarp Neringos, Juodkrantės ir Zarasų r., Lukšto ežero didžiojo kormorano populiacijų (0,721), mažiausias tarp 2007 m. Drūkšių ir Šilutės populiacijų (0,371).For the different population research in the great cormorant (Phalacrocorax carbo) was used genomic DNR method. The purpose of this research was to estimate the great cormorants (Phalacrocorax carbo) genetic diversity in Lithuania. In total, 147 individuals were collected and processed. Material was collected by ornithologists S. Rumbutis and D. Dementavičius. Material was collected from Juodkrantė, Drūkšių and Lukšto lake, Elektrėnų lagoon and from Briedžių island. 96 individuals were selected for research. DNR extraction was processed by Ambrasienės (2008) methods. One polymerase chain reaction (PCR) final volume was 25 μl (21 μl Mix + 4 μl DNR). For DNR fragments amplification was selected the most suitable annealing temperature: 48 °C (PcD4 and PcD6 markers) and 50 °C (PcD2, PcT1, PcT3 and PcT4 markers). PCR products were checked in a vertical 6 % and 8 % polyacrylamide gel, depending of the length of the marker. The data was evaluated with GenAlEx 6.5 program. Was estimated 100 % polymorphism in the great cormorant population, using microsatellite markers The genetic diversity parameters were determined: average number of alleles in the locus (Na), average number of effective alleles in the locus (No), observed heterozygosity (Ho), expected heterozygosity (He) and inbreeding coefficient (Fis). An analysis of molecular diversity (AMOVA) showed that interpopulation varied from 0 to 13 %. Was identified the most suitable microsatellite markers for estimating interpopulation diversity of great cormorant - PcD2, PcD4 and PcD6. The highest genetic distance was found among the populations of the Great Cormorant of Neringos, Juodkrantės and Zarasų r., Lukšto lake (0,721), the lowest among the 2007 m. Drūkšių and Šilutės populations (0,371).Gamtos mokslų fakultetasBiologijos katedr