Fluoresoivan kontrollin käsittelyn optimointi Novodiag-testin DNA-mikrosirulla

Nopeaa, tehokasta ja helppokäytöistä molekyylidiagnostiikkaa tarvitaan maailmassa koko ajan kasvavassa määrin. Vaihtoehtona hitaille soluviljelymenetelmille Mobidiag on kehittänyt Novodiag-tuoteperheen, jonka avulla terveydenhuollon ammattilaiset voivat antaa diagnoosin potilaalle vain murto-osassa siitä ajasta, joka kuluu perinteisiin menetelmiin. Tuoteperheen testit kattavat erilaisia bakteeri-, lois- ja virustartuntojen, sekä antibioottiresistenttien mikrobien tunnistusta. Novodiag-testit perustuvat nukleiinihappoanalytiikkaan. Kaikissa testeissä hyödynnetään qPCR-menetelmää ja osassa tunnistus tapahtuu DNA-mikrosiruissa hybridisaatioreaktion kautta. Hybridisaatioreaktio perustuu DNA-mikrosirussa olevien kohdemolekyylien sekä PCR-reaktiossa monistuneiden koettimien väliseen vuorovaikutukseen, jossa komplementaariset DNA- tai RNA-juosteet yhdistyvät. Leimatut koettimet voidaan onnistuneen hybridisaatioreaktion jälkeen havaita detektorilla ja tehdä tunnistus näytteessä olevista mikrobeista. Tämän työn aiheena oli keskittyä DNA-mikrosiruissa olevien fluoresoivien kontrollien optimointiin. Novodiag-testien mikrosiruilla käytetään kahta kontrollia: hybridisaatiokontrollia ja GRID-kontrollia. Näistä jälkimmäinen on valmiiksi leimattu kontrolli, jonka avulla rajataan testisirun kaksi array-aluetta ja ohjataan Novodiag-laite löytämään kohdemolekyylien spotit sirun pinnalta. GRID-kontrollin haasteena on ollut sen epätasainen intensiteetti kahden array-alueen välillä. Kontrollin liian korkea tai matala intensiteettiarvo tai liiallinen puoliero intensiteeteissä voi aiheuttaa sen, että laite ei löydä kohdemolekyylejä eikä anna sen vuoksi oikeaa tulosta. Ongelman syyksi oli rajattu GRID-kontrollin huono sekoittuminen puskuriin ja sen seurauksena epätasainen jakautuminen source platelle, josta spotit printataan lasisiruille. Laimennokset tehtiin Tecan Freedom EVO -pipetointirobotilla, jolle luotiin kaksi uutta pipetointiohjelmaa GRID-kontrollin laimennoksia varten. Näillä testiohjelmilla valmistetuista source plateista tehtiin 40 testisirua. Lisäksi valmistettiin 20 vertailusirua. Sirut printattiin Bacterial GE+ -testin pohjalle ja ne analysoitiin Novodiag-laitteella ja Mobidiagin sisäisellä ohjelmistolla. Tuloksena todettiin, että ensimmäisen testiohjelman siruissa oli vielä nähtävissä sama ongelma kuin alkutilanteessa, mutta toinen testiohjelma antoi positiivisia tuloksia, eikä puolieroa havaittu yhtä paljon. Näiden tulosten perusteella voidaan optimointia vielä jatkaa eteenpäin