Uji Efektifitas Gen CHD Sebagai Penanda Molekuler untuk Identifikasi Jenis Kelamin pada Burung Air

Molecular sexing berbasis DNA dapat digunakan untuk mengetahui jenis kelamin secara, cepat, tepat, dan murah. Gen penanda CHD (chromo-helicase-DNA-binding) umumnya menghasilkan dua pita pada betina (ZW), dan satu pita pada jantan, tetapi Dubiec (2006), menyatakan penentuan jenis kelamin lebih tepat dilakukan dengan menganalisis ukuran pita. Seiring perkembangannya, terdapat alternatif metode ekstraksi tanpa fenol-kloroform, dan beberapa alternatif primer bagi molecular sexing. Primer-primer yang telah digunakan untuk amplifikasi gen CHD antara lain pasangan P2-P8 (Griffths dkk., 1998), 1237L-1272H (Khan dkk., 1998), serta 2550F-2718R (Fridolfson & Ellegren, 1999). Penelitian ini bertujuan menentukan primer yang paling efektif untuk mengidentifikasi jenis kelamin burung air dan membandingkan metode ekstraksi yang lebih efektif. Penelitian dilakukan pada Februari sampai Juni 2013 di Laboratorium Biologi Molekuler Universitas Atma Jaya Yogyakarta (UAJY). Dua kali ekstraksi dilakukan dengan metode PCE standar dan perebusan. Hasil ekstraksi divisualisasi pada agarose 0,8%, 100 V, selama 20 menit, dan dibandingkan. Hasil menunjukkan ekstraksi perebusan kurang efektif dibanding metode PCE standar. Hasil positif diamplifikasi dengan primer P2-P8, 1237L-1272H, dan 2550F-2718R, kemudian divisualisasi pada agarose 4%, 100 V, selama 90 menit. Panjang basa pita dihitung dengan grafik semilog guna identifikasi jenis kelamin. Rasio keberhasilan primer P2-P8 sebesar 87%, primer 1237L-1272H sebesar 100%, dan primer 2550F-2718R sebesar 87%. Pasangan primer P2P8 membentuk CHD-Z berukuran 307-356 bp dan CHD-W berukuran 337-384 bp. Pasangan primer 1237L-1272H membentuk CHD-Z berukuran 249-259 bp dan CHD-W berukuran 262-283 bp. Pasangan primer 2550F-2718R membentuk CHD-Z berukuran 533-643 bp dan CHD-W berukuran 338-446 bp. Kesalahan identifikasi terjadi pada hasil amplifikasi primer P2-P8 sebanyak 2 sampel dan primer 1237L-1272H 4 sampel. Kesalahan terjadi karena pita sulit dibedakan sebagai gen CHD-W atau CHD-Z. Pasangan primer 2550F-2718R efektif guna identifikasi dengan kesalahan identifikasi paling minim