Perfis de RAPD-PCR em Populações de r. decussatus (linnaeus, 1758) do Sul de Portugal: avaliação da diversidade genética

Dissertação de Mestrado em Genética Molecular Comparativa e TecnológicaEm Portugal, a Ruditapes decussatus, amêijoa-boa (Bivalvia, Veneridae) tem uma distribuição geográfica ampla, sendo essencialmente no Sul de Portugal que o seu valor e procura são mais elevados. Apesar da sua importância económica e comercial, sobretudo para o desenvolvimento local e regional, nenhum estudo populacional genético em populações portuguesas de R. decussatus foi, até hoje realizado. Esta dissertação de Mestrado teve dois objectivos gerais, o primeiro referente ao desenvolvimento de um método de extracção de DNA em bivalves, em que a qualidade e quantidade do DNA obtido fosse elevada. O método descrito neste trabalho baseia-se no uso do sistema automático de extracção de ácidos nucleicos QuickGene-800 e no “kit” QuickGene DNA Tissue desenvolvido pela FUJIFILM LIFE SCIENCE. O segundo objectivo foi o estudo da variabilidade inter e intra-populacional de duas populações (Alvor e Faro) de R. decussatus, através da utilização de RAPDs. A escolha de RAPDs como marcador molecular para o estudo da diversidade genética de e entre populações reside sobretudo no facto de os resultados gerados por este marcador molecular serem muito confiáveis, pois os genótipos são analisados no âmbito molecular. Isso significa que toda a variação detectada é de causa genética, anulando a influência do ambiente. A quantificação da diversidade e diferenciação genética das populações de R. decussatus foi o próximo passo da investigação. Os dados de RAPDs obtidos foram então analisados bioinformaticamente, recorrendo-se aos softwares POPGENE 1.32 e TFPGA 1.3, os quais estimaram diversos parâmetros sobre a diversidade genética dentro e entre as populações de R. decussatus em análise. A diversidade genética intra-populacional estimada em cada uma das populações foi bastante elevada, enquanto que a diferenciação genética entre as populações apresentou valores muito baixos. As conclusões retiradas da análise dos resultados permitem afirmar que estas duas populações poderiam ser usadas no repovoamento e melhoramento genético de populações da espécie.In Portugal, Ruditapes decussatus (“groovedcarpet shell”, Bivalvia, Veneridae) is among the most common clam species found in the market for human consumption, taking a great commercial and economic importance. However, and in spite of the great commercial importance of the several clam species, specially the groovedcarpet shell, almost any selection study or genetic improvement was made, to the moment, in this group of species, being that in the Portuguese populations of R. decussatus its scarcity is high. Such commercial and economic importance demands knowledge of the genetic variability and of of the phylogenetic relationships of the different species, together with data regarding the biology, ecology and morphology of the species. This work had two general objectives, the first regarding the establishment of a method for optimal DNA extraction, that would attain a high purity molecular DNA and low chaotropic salt contamination based on the use of the automatic system machine QuickGene-800 and the QuickGene DNA Tissue kit developed by FUJIFILM Life Sciene. The second objective was the study of variability in two Portuguese populations of R. decussatus (Alvor and Faro) through the use of RAPDs. The choice of these molecular markers for this study is based in the fact that results for population diversity generated by RAPDs, are very trustworthy, because the genotypes are analyzed at the molecular level. This means that all variation detected is of genetic cause, annulling the influence of the environment. The diversity and genetic differentiation analysis in R. decussatus populations of was the next step in this investigation. The data obtained by RAPDs was then bioinformatically analysed using the softwares POPGENE 1.32 and TFPGA 1.3, which estimated several genetic parameters for diversity and differentiation of these populations. The estimated genetic diversity of each one of the two populations was elevated in contrast with the genetic differentiation between the two populations that displayed very low differentiation values. The results’ analysis allowed concluding that these two populations can be used in the restocking and genetic improvement of populations of the same species with no risk of an environmental and genetic disaster for this species