Detection of specific genetic aberrations in human sarcomas with fluorescence in situ hybridization (FISH) in formalin-fixed paraffin-embedded tissue

Viele humane Sarkome sind durch spezifische chromosomale Translokationen oder typische genetische Amplifikationen definiert, welche in der Differentialdiagnostik insbesondere in Fällen, bei denen klinische Daten, Morphologie und Immunhistochemie alleine nicht ausreichend wegweisend sind. Die Formalin-fixiertem Paraffin-eingebetteten (FFPE-) Gewebe von 15 Ewing-Sarkomen, 4 Klarzellsarkomen, 9 Synovialsarkomen, 4 alveolären und 7 embryonalen Rhabdomyosarkomen und 25 Liposarkomen verschiedenen Subtyps wurden mittels Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH) untersucht um ein Sarkom-spezifisches FISH-Sondenset zur Detektion spezifischer chromosomaler Aberrationen in der Routinediagnostik zu etablieren. Es konnte gezeigt werden, dass die FISH in diesem Aufgabenfeld im Vergleich zur PCR ebenfalls eine hoch effiziente zytogenetische Methode mit hoher Spezifität und hohen positiven Vorhersagewerten mit dem Vorteil der unproblematischen Anwendung an FFPE-Geweben ist. Zur Detektion des Isochromosom 12p , i(12p), als Beispiel für komplexere chromosmale Aberrationen, wurden 7 FFPE-Gewebe aus Keimzelltumoren mit 12p- und 12q-detektierenden FISH-Sonden hybridisiert. Die Detektion des i(12p) konnte im Rahmen dieser Arbeit mittels FISH nicht erreicht werden. Zusammenfassend ist die FISH eine hoch effiziente zytogenetische Methode zur Detektion spezifischer chromosomaler Aberrationen in FFPE-Geweben aus humanen Sarkomen mit hoher Eignung zur Anwendung in der Routinediagnostik.Many human sarcomas are defined by specific chromosomal translocations or typical genetic amplifications, which can be very useful in differential-diagnosis especially in cases with overlapping clinical data, morphology and results of immunohistochemistry. The formalin-fixed paraffin-embedded tissues of 15 Ewing sarcomas, 4 Clear cell sarcomas, 9 Synovial Sarcomas, 4 Alveolar and 7 Embryonal rhabdomyosarcomas and 25 Liposarcomas of different subtype were tested with fluorescence in situ hybridization (FISH) to establish a sarcoma-specific probe set for the detection of specific chromosomal aberrations in routine diagnostics. The results show that FISH compared to PCR also is an efficient cytogenetic method with high specificity and high positive predictive value especially having the advantage of unproblematic use in formalin-fixed paraffin-embedded tissue. For the detection of the isochromosome 12p, i(12p), as an example for more complex chromosomal aberrations, 7 formalin-fixed paraffin-embedded tissues of Germ Cell Tumors were hybridized with 12p- and 12q-detecting probes. The detection of the i(12p) by using FISH could not be achieved in this study. Concluding FISH is an efficient cytogenetic method for the detection of specific genetic aberrations of human sarcomas in formalin-fixed paraffin-embedded tissue with a high ability in routine diagnostics