Transcriptome Analysis of Neisseria meningitidis Serogroup B with DNA Microarrays

Die Anwendbarkeit eines Oligonukleotid-basierten Microarray-Systems zur Transkriptomanalyse von Neisserie meningitidis Serogruppe B wurde im Vergleich mit einem cDNA-basierten System demonstriert. Hierzu wurde für ein Subset von 60 Genen die Eigenschaften anhand von Parallelhybridisierungen sowie eines vormals etablierten Hitzeschock Modells untersucht. Aufgrund der Vergleichsdaten wurde ein Gesamtgenmom-Array auf Oligonukleotidbasis etabliert und zur Analyse der Hitzeschock-Reaktion verwendet. Schließlich wurde mit diesem Array-System ein Modell zur Untersuchung der Transkriptomänderung nach Konfrontation mit humanem Serum realisiert. Insgesamt zeigten 284 Gene (13% des Genoms) eine differentielle Regulation mit ebenmäßigem Verhältnis von Hoch- und Herunterregulation. Die Anwendbarkeit im Hinblick auf die Suche nach potentiellen Vakzinekandidaten wurde diskutiert.Oligonucleotide- and cDNA-based microarrays comprising a subset of 60 genes were assessed for transcriptome analysis of Neisseria meningitidis. Study of the heat shock response as well as hybridization with identical probes revealed similar performances for both systems. Oligonucleotide-based arrays encompassing the entire genome were implemented using the heat shock model. Subsequently a model for investigation of the transcriptional response of Neisseria meningitidis after challenge with human serum was established. 284 genes showed differential regulation with a balanced proportion of up- and donwregulated genes, accounting for 13% of the entire genome. The suitability of such a system for the identification of potential vaccine candidates was discussed