Microbial study of periodontal diseases

Les maladies parodontales, mondialement répandues se caractérisent par une dysbiose favorisant l’émergence de pathogènes, détruisant le tissu parodontal appelé parodonte par des processus inflammatoires chroniques. L’objectif de cette thèse est donc d’élaborer de nouvelles stratégies et d’utiliser de nouvelles techniques d’études pour étudier les potentiels acteurs dans l’apparition des maladies parodontales. Une bibliographie exhaustive sur les maladies parodontales a permis la publication d’une revue mettant en évidence les dernières connaissances sur l'association entre la parodontite et la composition du microbiome, ainsi que les stratégies de diagnostic et les techniques de traitement récents. Dans une seconde étude, un protocole de culture, un nouvel outil d’identification par la réaction de polymérisation en chaine (q-PCR) et un système de typage Multi-Locus Sequence Typing (MLST) basé sur le génome ont été créés pour étudier l’implication du protiste Trichomonas tenax dans la survenue de la parodontite. Dans un autre travail, la combinaison de deux approches d’analyses, culturomique (reposant sur la multiplication des conditions de culture utilisée) et métagénomique a permis de mettre en évidence des espèces, des genres et des familles spécifiques chez les patients atteints de parodontites, de même que des bactéries dites « protectrices » présentent en majorité chez des contrôles ainsi que la détection d’une nouvelle espèce.Accessoirement, les nouvelles espèces bactériennes isolées par la technique de culturomique ont été étudiée par une approche taxonogénomique.Globally widespread periodontal diseases are characterized by dysbiosis that promotes the emergence of pathogens, destroying periodontal tissue called periodontal disease by chronic inflammatory processes. The goal of this thesis is to develop new strategies and use new study techniques to study the potential actors in the onset of periodontal diseases.An exhaustive bibliography on periodontal diseases has enabled the publication of a review highlighting the latest knowledge on the association between periodontitis and microbiome composition, as well as diagnostic strategies and recent treatment techniques.In a second study, a culture protocol, a new chain polymerization reaction identification tool (q-PCR) and a genome-based Multi-Locus Sequence Typing (MLST) typing system were created to study the involvement of protist Trichomonas tenax in the occurrence of periodontitis.In another work, the combination of two approaches of analysis, culturomic (based on the multiplication of the conditions of cultivation used) and metagenomics made it possible to highlight specific species, genera and families in the patients with periodontitis, as so-called "protective" bacteria present mostly in controls as well as the detection of a new species.Incidentally, the new bacterial species isolated by the technique of culturomics were studied by a taxonogenomic approach