Analysis of the presence of Enterococcus sp. resistant to antimicrobials isolated from food of Porto Alegre-RS

Bactérias do gênero Enterococcus sp. são Gram positivas com morfologia celular em formato de cocos, em pares ou em cadeias curtas. Estas bactérias estão presentes na microbiota de mamíferos, como a do ser humano, e na microbiota de aves. São também isolados de várias fontes, como alimentos, solo e água. Uma das características deste gênero é a capacidade de adquirir diferentes determinantes genéticos que conferem resistência a antimicrobianos distintos. O presente estudo teve como objetivo determinar e caracterizar o perfil de resistência a antimicrobianos de Enterococcus sp. de alimentos de três diferentes mercados de Porto Alegre-RS; e avaliar a evolução da resistência antimicrobiana comparados com dados de 2006. Os alimentos aipim, batata-doce, batata inglesa, beterraba, carne de frango crua, cenoura, couve, salsa, queijo colonial e ricota foram processados e colonias com morfologia típica de Enterococcus isoladas dos alimentos foram selecionadas e submetidas à identificação em nível de gênero por testes fenotípicos. Aqueles identificados como Enterococcus foram submetidos a técnicas moleculares, através de PCR gênero-específica para a presença do gene tuf, perfil de susceptibilidade e presença de genes de resistência. Foram testados os seguintes antibióticos: Ampicilina (AMP), Ciprofloxacina (CIP), Cloranfenicol (CLO), Eritromicina (ERI), Estreptomicina (EST), Gentamicina (GEN), Linezolida (LNZ), Nitrofurantoína (NIT), Norfloxacina (NOR), Tetraciclina (TET), Rifampicina (RIF) e Vancomicina (VAN). Trezentos e dez cepas de Enterococcus foram isoladas dos alimentos e identificados como Enterococcus faecalis (177), Enterococcus casseliflavus (103), Enterococcus hirae (17), Enterococcus faecium (6), Enterococcus durans (3) e Enterococcus spp. (4). Em relação à distribuição das espécies nos alimentos, E. faecalis foi a espécie mais prevalente nas amostras de carne e queijo no presente estudo, assim como em 2006. No entanto, nas amostras de vegetais as espécies mais predominantes foram E. faecium em 2006 e E.casseliflavus em 2016. Entre os isolados, 33 (10,64%) foram susceptíveis a todos os antimicrobianos testados, enquanto 277 (89,35%) apresentaram resistência a pelo menos um. dos fármacos estudados. Os maiores números de resistência foram observados para os antibióticos: RIF (54,8%, n=170), ERI (47,74%, n=148), TET (31,29%, n=97) e CIP (20%, n=62). Em 2006, 34% das cepas eram resistentes à CIP (n= 19), 25% à CLO (n=14), 16% à GEN (n=9), 5,35% à AMP (n=3) e 1,78% à VAN (n=3), assim, em comparação ao presente estudo houve diminuição na porcentagem de cepas resistentes à AMP, CIP, CLO, GEN e VAN, presente nas amostras de alimentos. Os isolados de E. faecalis apresentam todos os genes de resistência testados e o gene que apresentou a maior prevalência entre as amostras foi tetM (24,51%), seguido de ermB (20,32%), tetL (2,42%), aac (6')/aph (2') e gyrA (3,22%) e mrsC (2,25%). Os dados aqui descritos demonstram fenótipos de resistência a uma gama de antibióticos de grande relevância clínica, que serve de alerta para a importância da cadeia alimentar na disseminação e transferência de genes de resistência antimicrobiana.Bacteria of the genus Enterococcus sp. are Gram positive with cellular morphology in the shape of coccus in pairs or in short chains. These bacteria are present in the mammal’s microbiota, such as of the human being, and in the bird’s microbiota. Currently they have been found in several sources, mainly in food. In addition, Enterococcus has acquired different genetic determinants that confer resistance to distinct antimicrobials. The present study aimed determine and characterize the profile of resistance to antimicrobials of Enterococcus sp. isolated of foods from three different markets of Porto Alegre-RS; and evaluate the evolution of the resistance to antimicrobials compered to data of 2006. The foods (cassava, sweet potato, potato, beetroot, raw chicken, carrot, cabbage, parsley, colonial cheese and ricotta) were processed and the colony with typical Enterococcus morphology isolated from food were selected and submitted to identification at the genus level by phenotypic tests. Those identified as Enterococcus were submitted to molecular techniques, through PCR genus-specific for the presence of the tuf gene, susceptibility profile and presence of resistance genes. The following antibiotics were tested: Ampicillin (AMP), Ciprofloxacin (CIP), Chloranphenicol (CLO), Erythromycin (ERI), Streptomycin (EST), Gentamicin (GEN), Linezolid (LNZ), Nitrofurantoin (NIT), Norfloxacin (NOR), Rifampin (RIF), Tetracycline (TET) and Vancomycin (VAN). Three hundred and ten strains of Enterococcus were isolated from the food and identified as Enterococcus faecalis (177), Enterococcus casseliflavus (103), Enterococcus hirae (17), Enterococcus faecium (6), Enterococcus durans (3) e Enterococcus spp. (4). In relation to the distribution of the species in food, E. faecalis was the most prevalent species among meat and cheese samples, as well as in the present study. However in the vegetable samples the most predominant species was E. faecium in 2006 and E.casseliflavus in 2016. Among the isolates, 33 (10.64%) were susceptible to all antimicrobials tested, while 277 (89.35%) presented resistance to at least one of the drugs studied. The highest numbers of resistance strains were observed for the antibiotics: RIF (54.8%, n=170), ERI (47.74%, n=148), TET (31.29%, n=97) and CIP (20%, n=62). In 2006, 34% of the strains were resistant to CIP (n=19), 25% to chlorofenicol (n=14), 16% to GEN (n=9), 5,35% AMP (n=3), 1,78% to VAN (n=3), thus, in comparison to the present study, there was a decrease in the percentage of strains resistant to AMP, CIP, COL, GEN and VAN isolated from food samples.The E. faecalis isolates present all genes of resistance tested and the gene that presented the highest prevalence among the samples was tetM (24.51%), followed by ermB (20.32%), tetL (2.42%), aac(6 ')/aph(2') and gyrA (3.22%) and mrsC (2.25%). The data described here demonstrate phenotypes of resistance to a range of antibiotics of great clinical relevance, which serves as an alert to the importance of the food chain in the dissemination and transfer of antimicrobial resistance genes