Process of benchmarking bioinformatic tools and its significance in modern science

Bioinformatyka jako nauka interdyscyplinarna korzysta z osiągnięć specjalistów zróżnych, pozornie niespokrewnionych ze sobą dziedzin. Przyczynia się to do jej dynamicznegorozwoju i pozwala na opracowywanie zaawansowanych narzędzi bioinformatycznych. Jednymz etapów procesu ich prawidłowego rozwoju jest testowanie wzorcowe, które prawidłowoprzeprowadzone jest w stanie znacząco pomóc w zrozumieniu potrzeb docelowegoużytkownika danego oprogramowania. Skrypt omawiany w praktycznej części tej pracy zostałpoddany testowaniu pod kątem czasu potrzebnego do anonimizacji zestawu danychpochodzących z sekwencjonowania. Skrypt powstał w celu wstępnej obróbki danychpotrzebnych do organizacji konferencji CAMDA 2019.As an interdisciplinary science, bioinformatics benefits from endeavors of experts invarious kinds of studies. It provides dynamic development of advanced bioinformatic tools.One of many stages of their development is benchmarking, which, if done properly, cansignificantly improve understanding potential user’s needs. Script that is described in practicalpart of this paper has been developed in order to anonymize samples obtained in the process ofwhole genome sequencing. It has been benchmarked in terms of time needed for its execution.Anonymized data were then provided to subsequent processing stages that were required toproperly prepare it for the 2019 edition of CAMDA conference