Staining of RNA in fixed cells by Hoechst 33342

Hoechst 33342 jest barwnikiem, który powszechnie się używa do barwienia DNA oraz chromatyny. Wykazano, że Hoechst może przyjmować formy, które w odpowiednich warunkach wykazuje powinowactwo do RNA. W niniejszych eksperymentach używano utrwalonych komórek HeLa 21-4 barwionych Hoechst 33342 oraz obrazowanych pod mikroskopem konfokalnym w roztworach o różnym pH oraz odmiennym składzie jonów. Wykonane doświadczenia pokazują, że protonowane formy barwnika wywołane niskim pH nie zwiększają powinowactwa do RNA. Jednakże, obecne jony lub ich brak w roztworze do obrazowania wpływają na sposób barwienia komórek. Barwienie RNA przez Hoechst 33342 w przeprowadzonych doświadczeniach występuje w dwóch przypadkach: wtedy kiedy w środowisku nie ma żadnych jonów oraz gdy w roztworze do obrazowania znajdują się jony wodorowe oraz chlorkowe (pH=4,05). Powinowactwo barwnika do RNA może mieć związek z jonami sodowymi, ponieważ ich obecność wpływa na małą bruzdę czyli miejsce w którym wiąże się Hoechst 33342 do DNA.Hoechst 33342 is a dye that is commonly used to stain DNA and chromatin. It has been shown that Hoechst can take forms that have RNA affinity in special conditions. In recent reserch, fixed HeLa 21-4 cells stained with Hoechst 33342 were used and imaged by a confocal microscope in solutions with different pH and different ion composition.The experiments prove that protonated forms of the dye caused by low pH do not increase the affinity for RNA. However, the presence or absence of ions on the the solution in which the cells were placed affect pathway staining. RNA staining by Hoechst 33342 in the experiments occurs in two cases: when there are no ions in the medium and when hydrogen ions and chloride ions are in the solution (pH = 4,05). The affinity of the dye for RNA may be related to sodium ions, because their presence affect the minor groove – site where Hoechst 33342 bind to DN