Study of the effect of selected dyes from the group of anthracyclines for marking RNA

Jąderko jest najbardziej wyraźną strukturą interfazowego jądrakomórkowego. Zbudowane jest m.in. z kwasów nukleinowych i białek,które odpowiadają za syntezę rybosomalnego RNA. Nie posiada otoczkibiałkowo-lipidowej, ale zajmuje pewien obszar jądra komórkowego, gdziepełni kilka bardzo ważnych funkcji. Jąderko odpowiedzialne jest m.in. zatranskrypcję genów rRNA, dojrzewanie mRNA, regulację cyklukomórkowego, produkcję pierwotnych rybosomów oraz uwalnianie małychi dużych podjednostek rybosomów do cytoplazmy. Liczba jąderek w jądrzekomórkowym i ich wielkość zależą od kilku ważnych czynników: odaktywności organizatorów jąderka (nucleolar organizer regions– NORs), atakże od fazy i czasu trwania cyklu komórkowego. W mojej pracy skupiłem się na badaniu procesu interkalacjibarwników z grupy antracyklin do struktur znajdujących się wtzw. perichromosomal region (PR), którego centralną część stanowiąchromosmy. Moim celem było dowiedzieć się, czy antracykliny takie jakDRAQ5 wiążą się nie tylko z DNA, ale także z RNA. W swoich badaniachzastosowałem barwienie metodą Click-ItRNA, przy użyciu użycia barwnikaATTO488, który łączył się z prekursorem EU (5-etynylo-urydyna)wbudowanym w nić RNA. Podczas wykonywania swoich doświadczeńbadałem także, czy DRAQ5 wiąże się tylko z DNA, czy też z RNAwpływając na obniżenie intensywności świecenia barwnika z nim wcześniejzwiązanego.Opisane przeze mnie doświadczenia mają na celu głębsze poznaniemechanizmu interkalacji barwników z grupy antracyklin, na przykładzie DRAQ5.The nucleolus is the most distinct structure of an interphase nucleuscell. It is built, among others of nucleic acids and proteins which areresponsible for a synthesis of ribosomal RNA. It doesn’t have a protein-lipidenvelope, but it occupies a certain area of the cell nucleus, where itperforms some very important functions. The nucleolus is responsible fortranscription of rRNA genes, maturation of mRNA, regulation of the cyclecellular, primary ribosome production and small release and largeribosomal subunits for the cytoplasm. The number of cell nuclei in thenucleus and their size depend on several important factors: activity thenucleolar organizer regions (NORs) and the phase and duration of the cellcycle.In my work I focused on the study of the intercalation process ofanthracycline dyes for structures in the perichromosomal region (PR),whose central part is chromosomes. My goal was to find out whether ananthracyclines such as DRAQ5 are involved not only in DNA, but also inRNA. In my research, I used Click-ItRNA staining using ATTO488 dye,which binds to the precursor EU (5-ethynyl-uridine) embedded in the RNAstrand. During my experiments, I also investigated whether DRAQ5 wasassociated only with DNA or RNA, affecting the reduction in the intensity ofthe dye that had previously been associated with it.The experiments I have described are aimed at a deeperunderstanding of the mechanism of intercalation of anthracyclines, basedon the example of DRAQ5