Study of the interaction of human transcription factor YY2 with DNA using YY1-YY2 protein chimera

Białko Yin Yang 2 (YY2) to czynnik transkrypcyjny będący retropozonem białka Yin Yang 1 (YY1). Oba białka regulują wiele istotnych procesów biologicznych rozpoznając taką samą sekwencję DNA. Zarówno YY1, jak i YY2 oddziałują z DNA swoimi C-końcowymi fragmentami utworzonymi przez cztery palce cynkowe typu C2H2. W przypadku białka YY1 postuluje się także rolę jego nieuporządkowanego fragmentu N-końcowego w tym procesie. Białko YY2 odkryto stosunkowo niedawno,a szczegóły mechanizmu jego oddziaływania z DNA nie są znane. Ze względu na wysoką homologię C-końcowych fragmentów obu białek, identyczność rozpoznawanej sekwencji i postulowanych różnic w powinowactwie, postanowiono sprawdzić rolęN-końca białka YY2 podczas oddziaływania z DNA. Niniejsza praca polegała na uzyskaniu konstruktu chimerycznego białka 2YY1 zawierającego domenę wiążącą DNA pochodzącą z białka YY1 (reszty: 296-414) oraz rejon N-końcowy białka YY2 (reszty: 1-252). Przeprowadzono optymalizację oczyszczania chimerycznego białka 2YY1. Dokonano również pomiarów oddziaływania białek YY2 oraz 2YY1 ze specyficzną sekwencją DNA z wykorzystaniem anizotropii fluorescencji. Wyniki przeprowadzonych badań są wstępem do dalszych eksperymentów zgłębiających istotę oddziaływania białka YY2 z DNA.The Yin Yang 2 protein (YY2) is a transcriptional factor and retroposon of Yin Yang 1 (YY1) protein. Both proteins recognise the same DNA sequence and regulatea huge variety of important biological processes. YY1 and YY2 interact with DNA viaC-terminal fragments comprising four C2H2-type zinc fingers. In the case of YY1 there are hypotheses about the role of disorder that occurs in the N-terminal region. YY2 was discovered quite recently, thus its mechanism of interaction with DNA is unknown. Because of the close relation between YY1 and YY2, identity of the recognised sequence and postulated differences in affinity it was decided to investigate the role of theN-terminal fragment of YY2 in interaction with DNA. The aim of this work was to obtain a genetic construct encoding a chimeric 2YY1 protein that would consist of the DNA-binding domain from YY (residues: 296-414) and the N-terminal fragment of YY2 (residues: 1-252). Purification of the chimeric protein was optimised. Interactions between proteins (YY2 and 2YY1) and specific DNA sequence were investigated using fluorescence anisotropy measurements. The obtained results are an excellent introduction to further experiments investigating the mechanism of interaction between YY2 and DNA