Optimization of the method of preparation urine samples for proteomic analysis.

Badania fragmentu proteomu charakterystycznego dla danych komórek, jakim są mikropęcherzyki stanowią podstawę do zakwalifikowania ich jako biomarkery w stanach patologicznych organizmu ludzkiego. Obecnie nie istnieje jedna, uniwersalna metoda prowadzenia analizy jakościowej mikropęcherzyków w ludzkim moczu, dlatego prowadzone badania miały na celu jej zoptymalizowanie. Wykorzystano technikę łączoną jaką stanowi nanochromatografia cieczowa ze spektrometrią mas z desorpcją i jonizacją wspomaganą matrycą MALDI i tandemowym analizatorem czasu przelotu TOF/TOF. Optymalizacji poddano program elucji gradientowej, który wydłużono z 86 do 102 minut. Dzięki temu wzrosła liczba identyfikowanych białek z 35 do 69. Pokazuje to ścisłą zależność między czasem trwania programu elucji gradientowej, a więc czasem rozdziału chromatograficznego a liczbą zidentyfikowanych białek w analizowanych próbkach.Studies of cell-specific proteomic fragments, which are microvesicles, are the basic for their classification as biomarkers in pathophysiological states of the human body. There is no single, universal method for the analysis of microvesicles in human urine, so the study was designed to optimize it. Nano – liquid chromatography coupled off-line with matrix-assisted laser desorption/ionization and TOF/TOF tandem time-of-flight mass analyzer was utilized for proteomic analysis of received peptides. The gradient elution program was optimized, which was extended from 86 to 102 minutes. The number of identified proteins increased from 35 to 69. This shows a close relationship between the duration of the gradient elution program and thus the chromatographic separation time and the number of identified proteins in the analyzed samples