Pairwise sequence alignment models and scoring systems

W pracy przedstawiono algorytm Needlemana – Wunscha i Smitha – Watermana w postaci liniowej i afinicznej do znajdowania optymalnego dopasowania globalnego i lokalnego dwóch sekwencji oraz omówiono najpopularniejsze macierze substytucji PAM i BLOSUM wraz ze sposobami dobierania punktacji do analizowanych sekwencji i określania wiarygodności otrzymanych wyników za pomocą narzędzi statystycznych.Presenting Needleman – Wunsch and Smith – Waterman algorithms with linear and affine gap penalty models for searching optimal global and local alignment of two sequences. Describing the most popular amino acid substitution matrices PAM and BLOSUM, the choice of gap penalties and scoring parameters for examined sequences. Testing significance of results by using statistical methods