Genetic typing and grouping coagulase negative staphylococci isolated from landfill based on phenotypic and genetic features.

Bakterie należące do grupy gronkowców koagulazo-ujemnych (CNS) są oportunistycznymi patogenami związanymi z człowiekiem oraz zwierzętami. Występują najczęściej na skórze oraz na powierzchni błon śluzowych. W wyniku obniżonej odporności lub choroby gospodarza mogą one powodować poważne zakażenia. Wszechobecność CNS w środowisku naturalnym oraz rosnąca liczba doniesień na temat zakażeń przez nie powodowanych stwarza potrzebę dokładniejszego poznania tej grupy mikroorganizmów. Celem niniejszej pracy była analiza fenotypowa i genetyczna kolekcji 31 koagulazo-ujemnych szczepów wyizolowanych ze składowiska odpadów. Celem analizy było poznanie stopni pokrewieństw oraz różnic wewnątrz kolekcji złożonej z gatunków Staphylococcus capitis, S. equorum oraz S. sciuri, aby poznać charakter kolonizacji.Przeprowadzono standardowe testy diagnostyczne: test probówkowy do oznaczania wolnej koagulazy, test biochemiczny ID 32 STAPH oraz test do oznaczania wrażliwości na antybiotyki. W celu zbadania pokrewieństwa między szczepami oraz struktury genetycznej kolekcji zastosowano metody genotypowe oparte na reakcji PCR metodami: RAPD, RAPD–ERIC1 i RFLP. Uzyskane wyniki wykazały, że badane szczepy są wysoko spokrewnione oraz istnieje homogenność w obrębie typów genetycznych, a także zaobserwowano związek między miejscem izolacji oraz pokrewieństwem szczepów, co wskazuje na klonalny charakter kolonizacji. Napotkane trudności w identyfikacji genetycznej szczepów środowiskowych wskazują potrzebę rozwijania metod stosowanych do identyfikacji gronkowców koagulazo-ujemnych pochodzących ze środowiska.Bacteria of coagulase-negative staphylococci (CNS) are opportunistic pathogens that often colonize human body or animals. They are connected with skin and mucosal membranes of host. That group of bacteria become high risk pathogens for the immunocompromised individuals. The CNS are dispersed widely in the environment and there are also more information about infections caused by them, so that is very important to get better knowledge about that group of microorganisms. The aim of presented study was to examine collection of 31 CNS isolated from landfill. The goal of examination was investigation of similarities and differences among 31 strains from 3 species: Staphylococcus capitis, S. equorum and S. sciuri.Some standard phenotypic tests were used: coagulase test, ID 32 STAPH test and antibiogram. To investigate the similarities between strains and the structure of this collection there were 3 PCR- based methods applied: RAPD, RAPD-ERIC1 and RFLP. The applied techniques showed that this collection is highly homogenous and there is a correlation between isolation and relationships of some strains. There were also some difficulties in genetic identification of these environmental strains, so there is still a necessity to improve methods used for identification of environmental coagulase-negative staphylococci