Methods of investigations of nergy of intermoleculr interctions of crystalline alpha-aminoacids - hydrogen bond systems.

L‑alfa‑aminoacids: Arg, Phe, Gly, Hyp, Asp, Glu, Leu and Val, forming particular aminoacids sequences in ECM proteins were chosen according their importance for the cultures of living cells such as osteoclasts. Seventeen structures of the L‑alpha‑aminoacids (some known in several polymorphic forms) were found in CSD'2010 and analysed from the viewpoint of the possible hydrogen bond systems following the graph set theory. The energy of intermolecular interactions in these structures were calculated using the structural data and OPIX program package developed by Gavezzotti. A number of similarities and differences of the hydrogen bond systems in the investigated structures were found at the first and second level of the graph theory and relationships between the hydrogen bond motifs and the calculated energy of the intermolecular interactions were discussed. It turns out that some motifs decide about the ease of crystal formation and this conclusion goes further than the hypothesis by Fabian et al. (Acta Cryst. B64 (2008) 504-514). It is possible that further studies using that kind of formalism can lead to better understanding of alfa‑aminoacid crystallization processes.L‑alfa‑aminokasy: Arg, Phe, Gly,Hyp, Asp, Glu, Leu i Val, tworzące szczególne sekwencje obecne w białkach macierzy CM zostały wybrane ze względu na ich znaczeni w hodowlach komórkowych osteoklastów. Siedemnaście struktur L‑alfa‑aminokwasów (niektóre znane w kilku odmianach polimorficznych) zostało znalezionych w bazie CSD'2010 i przeanalizowanych pod kątem realizowanych systmów wiązań wodorowych, korzystając z teorii grafów. nergia oddziaływań międzycząsteczkowych tych struktur została bliczona przy użyciu danych strukturalnych i pakietu OPIX stworzonego przez Gavezzottiego.W systemach wiązań wodorowych badanych struktur odnaleziono wiele podobieńtw i różnic na I i II poziomie teorii grafów oraz korelacji pomiędzy motywami wiązań wodorowych i obliczoną energią. Okazuje się, ż niektóre motywy decysują o kintycznej łatwości formowania się struktur krystalicznych i ta konkluzja precyzuje hipotezę postawioną przez Fabiana et al. (Acta Cryst. B64 (2008) 504-514). Możliwe jest, że dalsze badania wykorzystujące tego typu podejście mogą doprowdzić do lepzego zrozumienia procesu krystalizacji alfa‑aminokwasó