Origine, évolution et diversité génétique du VIH

Le sida est l'une des principales maladies infectieuses apparues au cours du XXème siècle. Les premiers cas de sida ont été observés aux États-Unis vers 1980, mais le virus circule dans la population humaine depuis le début du XXème siècle. Des transmissions interespèces de SIV (virus de l'immunodéficience simienne) de primates non humains (PNH) à l'homme sont à l'origine du VIH ; les SIV de chimpanzés et de gorilles de l'Afrique centrale occidentale pour VIH-1 et les SIV des mangabeys en Afrique de l'Ouest pour VIH-2. Aujourd'hui 13 transmissions du singe à l'homme ont été documentées, 4 pour le VIH-1 (groupes M, N, O et P) et 9 pour le VIH-2 (groupes A à I), mais seulement le VIH-1 M est responsable de la pandémie. Le VIH-1 M peut être subdivisé en sous-types (A-D, F-H, J, K), des formes recombinantes circulantes (CRF) ou formes recombinantes uniques (URF). Cette classification a permis de suivre l'évolution de la pandémie de VIH et a montré une répartition géographique hétérogène des différents sous-types et CRF dans le monde. La diversité génétique, c'est à dire la diversité intra-sous-type et intra-CRF, le nombre de souches recombinantes et leur complexité, continuera d'augmenter avec le temps. La distribution géographique des différents sous-types ou CRF est également un processus dynamique. Enfin, avec l'augmentation du nombre de personnes recevant un traitement antirétroviral, le nombre de souches résistantes transmises augmentera, en particulier dans les pays aux ressources limitées