Olosuhteiden ja eristysmenetelmien vaikutus verinäytteistä eristettävään DNA:han

Työn tarkoituksena oli selvittää eri olosuhteiden vaikutus verinäytteistä eristettävän DNA:n määrään. Eri säilytyslämpötilalla on todettu olevan vaikutusta DNA-saantoon sekä kaksijuosteisen DNA:n määrään verinäytteistä eristetyissä DNA-näytteissä. [2.] Biopankkiin tulevien näytteiden välillä on usein merkittäviä eroja, esimerkiksi niiden iän ja säilytystavan perusteella. Muuttujat kuten näytteenotto, näytteen kuljetus, säilytysaika ja säilytysolosuhteet voivat vaihdella merkittävästi näytteiden välillä, ja vaikuttaa lopulliseen DNA-saantoon negatiivisesti. Työ suoritettiin Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen Genomiikka ja Biopankki -yksikössä Helsingin Meilahdessa. Genomiikka ja Biopankki -yksikkö on Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen alainen yksikkö, joka tutkii kansantautien geneettistä taustaa sekä vastaa väestötutkimuksen laboratorioanalytiikasta ja THL Biopankin toiminnasta. DNA:n lisäksi yksikkö tutkii näytteistä myös muuta genomiikkaa kuten transkriptiomiikkaa sekä proteomiikkaa. Yksikköön saapuvilla näytteillä on usein erittäin vaihteleva historia niiden säilytysolosuhteiden- ja ajan kannalta. Usein näytteet saattavat olla esimerkiksi näytteenantajalta, joka on menehtynyt, eikä uutta näytettä voida tämän myötä kerätä. Onkin siis tärkeää, että jokaisesta mahdollisesta näytteestä saadaan eristettyä onnistuneesti DNA:ta jatkoanalyyseihin. Eri lämpötilojen vaikutusta näytteisiin tutkittiin altistamalla kolme verrokkiryhmää verinäytteitä eri säilytyslämpötiloille, minkä jälkeen niistä eristettiin DNA käyttäen kahta eri eristysmenetelmää, suolasaostusmenetelmää sekä magneettibeadimenetelmää. Pitoisuus mitattiin sekä absorbanssimenetelmällä että fluorometrisesti, jotta saatiin selville, kuinka iso osa DNA:sta on säilynyt kaksijuosteisena