Identification of Lactobacillus species isolated from sourdough with classical and molecular methods

Ekşi hamur mayası su ile çavdar unu veya buğday unu karışımının mayalar ve laktik asit bakterileri tarafından fermente edilmesi ile elde edilmektedir. Bu süreç laktik asit fermentasyonu ile proteoliz ve uçucu ve küf gelişimini önleyici maddelerin sentezi ile sonuçlanmaktadır. Ekşi hamur mayası ekmeğin yapısal ve duyusal özelliklerini iyileştirmesinin yanı sıra; ekmeği küf gelişimine bağlı bozulmadan korumaktadır. Ekşi hamur mayasının laktik asit bakteri florasını çoğunlukla Lactobacillus türlerinin hetero ve homofermentatif suşları oluşturmaktadır. Laktobacilus suşlarının karbonhidrat fermentasyon testleri gibi geleneksel fenotipik tanımlama metotları düşük tekrarüretilebilirlik ve düşük taksonomik ayrım yeteneğine sahiptir. Bu nedenle doğru bir tanımlama için biyokimyasal profile dayalı geleneksel tanımlama ile moleküler yöntemler birlikte kullanılmıştır. Bu çalışmada Bursa ilinden temin edilen ekşi hamur mayalarından izole edilen Lactobacillus suşları biyokimyasal ve moleküler identifikasyon teknikleri ile tanımlanmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu ile toplam 68 izolat tür düzeyinde tanımlanabilmiştir. Bununla birlikte bu izolatların 9 tanesi biyokimyasal temelli fenotipik identifikasyon ile tanımlanamamıştır. Her iki teknik ile tanımlanabilen 59 izolat için aynı tanımlama sonucu elde edilmiştir.Sourdough yeast is obtained by the fermentation of a mixture of water and wheat or rye flour by yeasts and lactic acid bacteria. This process ends with lactic acid fermentation, proteolysis and synthesis of volatile compunds and mold growth inhibitors.Sour dough yeast improves the structural and sensory properties of the bread, and also protects the bread from spoilage due to mold formation. The lactic acid bacteria flora of sourdough yeast is mostly hetero- and homofermentative strains of Lactobacillus species Traditional phenotypic identification methods of Lactobacillus strains, such as carbohydrate fermentation tests, have low reproducibility and low taxonomic distinction. For this reason, conventional identification based on biochemical profiles and molecular methods have been used together in order to get accurate identification. In this study, Lactobacillus strains isolated from sourdough obtained from Bursa province were defined by biochemical and molecular identification techniques. A total of 68 isolates were identified at the species level by polymerase chain reaction. However, 9 of these isolates were not identified by biochemical based phenotypic identification. The same identification result was obtained for the 59 isolates identified by both techniques