Caracterização de genótipos G de rotavírus do grupo A circulantes no Distrito Federal

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2006.Os rotavírus são caracterizados por uma ampla diversidade genética, que possui implicações na epidemiologia das diarréias agudas infecciosas. O objetivo deste estudo foi descrever a variabilidade dos genótipos G dos rotavírus do grupo A circulantes no Distrito Federal, região Central do Brasil, nos períodos de 1986 a 1990; de 1994 a 1996 e de 2004 a 2005. Foram analisadas cento e três amostras fecais cedidas pelo Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Essas amostras foram coletadas em três períodos distintos: 1986 a 1990, 1994 a 1996, e de 2004 a 2005. A detecção dos rotavírus foi inicialmente realizada por meio das técnicas de EIARA (Ensaio Imunoenzimático para Rotavírus e Adenovírus) e PAGE (Eletroforese em Gel de Policriamida). Os resultados obtidos pelas duas técnicas apresentaram concordância de 98%. Apenas duas amostras foram positivas em PAGE e não reagentes no EIARA. Todas as amostras apresentaram perfil característico dos rotavírus do grupo A em PAGE. Das 103 amostras analisadas, 94 apresentaram perfil longo, oito perfil curto e um perfil curto atípico. Os RNAs foram transcritos reversamente e amplificados pela PCR, utilizando-se os primers 9con1 e 9con2, para a obtenção de um fragmento de 904 pb, correspondente ao gene que codifica a proteína VP7. Os produtos da PCR foram submetidos ao seqüenciamento automático a as seqüências obtidas analisadas pelos programas FASTA e BLAST. Quando os dados dos três períodos foram analisados conjuntamente, o genótipo predominante foi o G1 (50,48%), seguido pelos genótipos G9 (18,45%), G2 (10,68%), G5 (10,68%), G3 (5,83%) e G4 (3,88%). No primeiro período (1986-1990) 41% das amostras eram do genótipo G1; 24% do genótipo G5; 18% do genótipo G3 e 9% dos genótipos G2 e G4. No segundo período (1994-1996), 74,47% foram do genótipo G1; 17,02% G2; 6,38% G5 e 2,13% G4. No terceiro período (2004-2005) o genótipo mais prevalente foi o G9 (86,36%), seguido do G1 em 13,64% das amostras. A análise filogenética foi realizada pelo método de neighbor-joining e a separação dos ramos em genótipos apresentou valores de bootstrap elevados, confirmando os dados de homologia obtidos por meio dos programas FASTA e BLAST. As informações geradas por este trabalho estão de acordo com os dados da literatura e poderão subsidiar estudos futuros de eficácia da vacina que foi introduzida no Calendário Nacional de Imunização no Brasil, bem como o monitoramento dos genótipos de rotavírus circulantes no Distrito Federal e Entorno. _________________________________________________________________________________________ ABSTRACTRotaviruses are characterized by a high genetic diversity. Such diversity has potential implication on the epidemiology of acute infectious diarrhea. This work aimed to describe the variability of G genotypes from group A rotaviruses circulating in the Federal District, Central Brazil. One hundred and three fecal samples kindly provided by the Public Health Laboratory of the Federal District were analyzed. The samples were collected at three distinct timeframes: 1986 to 1990, 1994 to 1996 and 2004 to 3005. The rotavirus detection was initially performed by EIARA and PAGE. The results from these two procedures presented 98% of agreement. Only two samples were positive by PAGE and non reactive by EIARA. All samples showed electrophoretic profile compatible with group A rotaviruses. From the 103 samples analyzed, 94 showed long electropherotype, whereas eight showed short and one atypical electropherotype. The extracted RNAs were reversely transcribed and amplified by PCR, using 9con1 and 9con2 primers, generating DNA fragments with approximately 904 bp corresponding to part of the VP7 protein gene. The PCR products were submitted to automated sequencing and the generated sequences were analyzed by the FASTA and BLAST programs. When the three seasons were evaluated, the predominant genotype was G1 (50.48%), followed by G9 (18.45%), G2 (10.68%), G5 (10.68%), G3 (5.83%) and G4 (3.88%) genotypes. In the first season (1986-1990), 41.18% of the samples were described as genotype G1; 23.53% genotype G5; 17.65 G3 and 8.82% G2 and G4. During the second season (1994-1996), 74.47% of the samples were characterized as G1; 17.02% G2; 6.38% G5 and 2.13% G4. The most prevalent genotype of the third season (2004-2005) was G9 (86.36%) folowed by G1 (13.64%). Phylogenetic analysis was performed by the neighbor-joining method and the segregation of the genotypes confirmed the homology results obtained by FASTA and BLAST. The information generated by this study is in agreement with the literature and may subsidize future evaluation of vaccine efficacy as well as the monitoring of rotavirus genotypes in the Federal District and in Brazil