Genetic diversity of naturalized brazilian pig breeds using microsatellite markers

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2006.Em uma primeira etapa, foi analisada a distribuição das freqüências alélicas, por meio de 24 marcadores microssatélites, em doze grupos genéticos representantes da espécie Sus scrofa, além de um animal da espécie Tayassu tajacu, totalizando 205 animais. Posteriormente, com os mesmos marcadores, estimou-se a diversidade genética intra e inter-racial em cinco dos doze grupos genéticos representados por três raças naturalizadas de suínos do Brasil (Moura, Piau e Monteiro), uma raça comercial (Landrace) e um composto comercial (MS60). Foi ainda testada a existência de estruturação genética dentro dos últimos cinco grupos mencionados, totalizando 182 indivíduos. Os resultados desta segunda análise mostraram que 15,73% da variação total (p<0,001) observada foi em razão das diferenças inter-raciais. Com base no dendrograma, obtido a partir da distância DA de Nei e o método de agrupamento UPGMA, foi possível diferenciar três grupos. O primeiro representado pela raça comercial Landrace e o composto MS60, o segundo por duas raças naturalizadas (Piau e Monteiro), e o terceiro pela raça naturalizada Moura. A análise da variabilidade intra-racial indicou que a raça Piau obteve o maior valor de heterozigosidade dentre as naturalizadas, enquanto que a raça Landrace apresentou os maiores valores dentre as comerciais. A partir de uma análise baeysiana, foi possível identificar uma sub-estruturação somente dentro das raças Monteiro e Piau. Desta forma, foram observados para estas duas raças os menores valores de probabilidade de certificação racial e uma diferenciação genética significativa entre as raças Moura, Landrace e o composto MS60. O painel de marcadores microssatélites utilizados apresentou alta precisão (99,99%) para ser utilizado na exclusão de paternidade, inclusive em raças naturalizadas de suínos e se mostrou efetivo para ser usado como ferramenta importante para o manejo e conservação das raças naturalizadas de suínos. _________________________________________________________________________________________ ABSTRACTOn a first step, it was analyzed the allelic distribution with 24 microsatellites loci in twelve genetic groups representing the Sus scrofa species and one animal of the species Tayassu tajacu, come down to 205 animals. After that, with the same microsatellite loci, the genetic diversity was estimated within and between five of the twelve genetic groups, represented by three naturalized Brazilian pig breeds (Moura, Piau and Monteiro), one commercial breed (Landrace) and one composite (MS60). It was also tested the existence of a genetic structure within these five groups, with a total of 182 individuals. The results of this second analysis showed that 15.73% of the total variation (p