Molecular characterization of moroccan grapevine germplasm using SSR markers for the establishment of a reference collection

Equipe " Diversité, Génétique et Génomique Vigne ". Contact: boursiqu@supagro.inra.frInternational audienceAims: This study aims to characterize the SODEA ampelographic collection in Meknes, the only germplasm repository in Morocco. To assess the usefulness of this germplasm, a study was conducted to verify the trueness to type of the genotypes and to provide the first database for a reference collection in Morocco. A core collection was then established to define a small sample easier to handel further characterization. Methods and results: Ninety-four grapevine samples from the collection were analyzed using 20 nuclear SSR markets. From these samples. we identified 67 grapevine genotypes. The nuclear SSRs revealed a high diversity within the SODEA collection: 202 alleles were detected with a mean of 10.1 alleles per locus. Analysis of molecular data with the software DARwin was used to classify the genotypes into six groups according to their origin or their genetic relatedness. The 18 autochthonous cultivars were differentiated according to geographical origin (North vs. South). We established a core collection among this germplasm using MSTRAT: the complete diversity present in the collection was captured with only 34 individuals. Nevertheless,an optimal core collection representing 89% of the diversity was constituted by only 17 cultivars. Among these 17 individuals, 5 are autochthonous. Conclusion: The collection of SODEA represents a unique resources of grapevines for Morocco. It contains several important autochthonous cultivars in terms of diversity and agronomic utilisation. Significance and impact of the study: The study showed potential and interest of the cultivars present in the collection of SODEA, suggesting that their utilisation may be important for the farmersObjectifs : cette étude a pour objectif de caractériser la collection ampélographique de la SODEA à Meknès, l’unique conservatoire de ressources génétiques vignes existant au Maroc. Pour évaluer l’intérêt de ce conservatoire, une étude a été conduite afin de vérifier l’identité exacte des génotypes et d’établir la première base de données relative à cette collection de référence. Une core collection a ensuite été établie afin de définir un sous-échantillon restreint, plus facile à gérer pour de futures analyses. Méthodes et résultats : quatre-vingt quatorze échantillons de vigne prélevés dans la collection ont été analysés en utilisant 20 marqueurs microsatellites. A partir de ces échantillons, nous avons identifié 67 génotypes distincts. L’analyse de ces marqueurs a révélé une grande diversité au sein de la collection de la SODEA : 202 allèles ont été détectés avec une moyenne de 10,1 allèles par locus. Les données moléculaires ont été analysées avec le programme DARwin. Les génotypes ont pu être répartis en 6 groupes, en relation avec leur origine ou leur relation génétique. Les 18 cultivars autochtones ont été différenciés en fonction de leur origine géographique (Nord vs. Sud). Nous avons établi une core collection à partir de ces ressources génétiques en utilisant le logiciel MSTRAT : la diversité totale présente dans ce conservatoire peut être représentée par 34 individus. Toutefois, une core collection optimisée et constituée seulement de 17 cultivars permet de représenter 89 % de la diversité. Parmi ces 17 individus, 5 sont autochtones. Conclusion : la collection de la SODEA représente plusieurs cépages autochtones importants en termes de diversité et d’intérêt agronomique. Signification et impact de l’étude : l’étude a permis de montrer le potentiel et l’intérêt des cultivars présents dans la collection de la SODEA et suggère que leur utilisation pourrait être importante pour les agriculteurs