Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Individual mtDNA Sekuen Gen HVR-I Sebagai Pembeda Subspesies pada Orangutan Kalimantan (Pongo Pygmaeus) di Taman Safari Indonesia II Prigen

Orangutan Kalimantan (Pongo pygmaeus) memiliki tiga subspesies yaitu P. p. pygmaeus, P. p. wurmbii, P. p. morio. Spesies ini merupakan satwa endemik Indonesia yang memiliki status International Union for Conservation of Nature and Natural Resources (IUCN) Critically Endangered. Berbagai upaya dan penelitian dilakukan untuk konservasi spesies ini. HVR-I yang terdapat pada daerah non-coding region DNA mitokondria memiliki laju mutasi yang cepat sehingga dapat mendeteksi genetik variabilitas. Peristiwa mutasi dalam HVR-1 secara umum dikenal dengan single nucleotide polymorphism (SNPs). SNPs menampilkan substitusi nukleotida yang unik dalam populasi tertentu dan dapat digunakan untuk menetapkan variasi individu dalam populasi asal. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui subspesies berdasarkan persamaan titik SNPs dengan melakukan purposive sampling menggunakan lima sampel darah orangutan. Metode pada penelitian ini adalah studi kasus dengan melakukan identifikasi SNPs menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan mengisolasi DNA sampel darah lalu dilakukan uji kuantitas dan kualitas DNA, kemudian diamplifikasi dengan sepasang primer forward 5‟-CCTGCCCCTGTAGTACAAA TAAGTA-3‟ dan reverse 5‟-TGTGCGGGATATTGATTTCAC-3‟ kemudian dilanjutkan dengan sekuensing produk PCR. Identifikasi SNPs dengan melihat polimorphisme menggunakan Bioedit 7.5.3 yang disejajarkan dengan tujuh referensi gen HVR-I database NCBI, sehingga ditemukan 12 SNPs diagnostik yang dapat membedakan tiga subspesies orangutan Kalimantan. Sampel OT1, OT2, OT3, OT4 menunjukan 6 kesamaan SNPs dengan referensi gen HVR-I database P.p. wurmbii. Rekonstruksi filogenetik kemudian dibuat menggunakan software MEGA 10.5 metode Neighbor Joining 1000x replikasi bootsrap dan Tamura-Nei model yang membedakan berdasarkan titik mutasi, menujukan OT1,OT2, OT3, OT4 membentuk satu clade dengan referensi P.p.wurmbii serta memiliki jarak genetik yang dekat yaitu 0,000-0,003