Identification of genetic risk factors for Behçet’s disease

Tese de doutoramento, Ciências Biomédicas (Genética), Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2013Background: Behçet’s disease (BD) is a complex disorder characterized by a generalized vasculitis, whose pathophysiology remains unclear. The identification of genes involved in BD can help to elucidate the disease mechanisms and, ultimately, result in diagnostic and treatment advances.Objectives: To identify genetic risk factors implicated in BD susceptibility. Methods: We performed four independent studies: 1) Analysis of the role of the mitochondrial genome by testing the association of mitochondrial haplogroups and variants with BD risk in 615 Iranian BD cases and 434 controls; 2) Follow-up of IL10 and IL23RIL12RB2 associations, previously identified as BD risk factors, in 973 Iranian BD cases and 637 controls; 3) Gene expression profiling in 15 Portuguese BD cases and 14 controls and association testing of the differentially expressed genes in 976 Iranian BD cases and 839 controls; 4) A genome-wide association study for the Iranian population in DNA pools of 292 BD cases and 294 controls and replication of the association findings in 684 BD cases and 532 controls.Results: We identified a novel association of BD with the mitochondrial 12S rRNA gene (7.00E-03<P<3.80E-02); replicated the association of IL10 (P=2.53E-02) and IL23R-IL12RB2 loci (1.93E-06<P<1.78E-05) and identified the region upstream IL23R as the most associated one; identified EREG, AREG and NRG1 (members of the Neuregulin signalling) as downregulated in BD patients, found a novel association in the EREG-AREG locus (P=2.51E-02) and replicated three associations at NRG1 (6.61E-04<Pmeta<2.10E-03); and identified five coding variants at FUT2 associated with BD (2.97E-06<P<1.34E-04).Conclusions: During the course of this project we have uncover the mitochondrial genome,the neuregulin signaling and the FUT2 gene as novel players in BD susceptibility that may contribute to the abnormal immunological response observed in BD patients. We have further contributed to establish the IL10 and IL23R loci as worldwide risk factors for Behçet’s disease.Introdução: A doença de Behçet (DB) é uma doença complexa caracterizada por uma vasculite generalizada, cuja patofisiologia é ainda pouco conhecida. A identificação de genes envolvidos na DB pode ajudar a elucidar os mecanismos de doença levando a avanços a nível do diagnóstico e tratamento.Objetivos: Identificar factores de risco genético para a DB. Métodos: Realizou-se quatro estudos independentes: 1) Análise do papel do genoma mitocondrial, onde se testou a associação da DB com haplogrupos e variantes mitocondriais, em 615 casos e 434 controlos Iranianos; 2) Follow-up da associação dos genes IL10 e IL23RIL12RB, previamente identificados como factores de risco para a DB, em 973 casos e 637 controlos Iranianos; 3) Estudo de perfis génicos em 15 casos com DB e 14 controlos Portugueses e teste da associação dos genes diferencialmente expressos em 976 casos e 839 controlos Iranianos; 4) Estudo de associação no genoma inteiro (GWAS) para a DB na população Iraniana, em pools de ADN com 292 casos e 294 controlos, e replicação das associações identificadas em 684 casos e 532 controlos.Resultados: Identificou-se uma nova associação da DB com o gene mitocondrial 12S rRNA (7.00E-03<P<3.80E-02); Replicou-se a associação do IL10 (P=2.53E-02) e locus IL23R-IL12RB2 (1.93E-06>P<1.78E-05) e identificou-se a região regulatória do IL23R como a mais mais fortemente associada; Verificou-se a sub-expressão do EREG, AREG e NRG1 (pertencentes à via da Neuregulina) em pacientes com DB, a associação do locus EREG-AREG (P=2.51E-02) e replicou-se três associações no NRG1 (6.61E-04<Pmeta<2.10E-03); Identificou-se cinco variantes codificantes no FUT2 associadas com a DB (2.97E-06<P