Prevalência e caracterização genética do Vírus da Imunodeficiência Humana em indivíduos atendidos no Hospital de Gumura em Bissau

Tese de mestrado. Biologia (Microbiologia Aplicada). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2010O Vírus da Imunodeficiência Humana é caracterizado por uma enorme capacidade de recombinação genética com implicações para o diagnóstico, desenvolvimento de fármacos e produção de vacinas. O crescente número de variantes virais em circulação no mundo coloca questões sobre eventuais efeitos biológicos, nomeadamente diferentes taxas de transmissibilidade, virulência ou progressão para a doença. O presente estudo pretendeu determinar a prevalência da infecção VIH-1 e VIH-2 e da coinfecção com membros do complexo Mycobacterium tuberculosis num grupo de indivíduos atendidos no Hospital de Cumura na Guiné-Bissau. Pretendeu também, amplificar por Nested PCR fragmentos virais correspondentes à região V3-V5 de env e ao gene nef de VIH-1 para proceder à classificação dos vírus por inferência filogenética e análise bootscanning utilizando diferentes ferramentas informáticas. Foi também realizada uma análise das sequências aminoacídicas de ambas as regiões com o intuito de observar o grau de conservação ou disrupção dos domínios estruturais e funcionais de VIH-1. Assim, foi detectada uma prevalência de 15,8% para o VIH-1 e de 4,2% para o VIH-2 no grupo estudado, o que está em acordo com o declínio da infecção VIH-2 descrita no país. Não foram detectados subtipos puros e a maioria dos vírus foram classificados como formas genéticas A/G. Foram também identificadas formas complexas A/G com envolvimento de outros subtipos virais, tais como o B, C, J e H, indicando maior diversidade genética relativamente ao que foi descrito na Guiné- Bissau. A análise da região V3-V5 e da proteína Nef revelou uma conservação dos motivos funcionais, reflectindo a sua importância ao longo da infecção. Foram observados alguns polimorfismos “naturais” que podem estar associados a formas virais não-B, tais como, subtipo G e CRF01_AE e CRF02_AG. Estudos adicionais in vitro, juntamente com informação clínica dos indivíduos infectados, podem determinar se as diferenças entre CRF/subtipos virais terão repercussões na progressão da infecção.The Human Immunodeficiency Virus is characterized by an enormous capacity for genetic recombination with implications for diagnosis, drug development and vaccine production. The growing number of new virus variants circulating in the world raises questions about possible biological effects, including different rates of transmissibility, virulence or disease progression. This study aimed to determine the prevalence of HIV-1 and HIV-2 and co-infection with Mycobacterium tuberculosis complex members of a group of individuals treated in the Cumura Hospital in Guinea-Bissau. Also aimed to amplify viral fragments, by Nested PCR, corresponding to the V3-V5 region of env and the nef gene of HIV-1 to classify the viruses by phylogenetic inference and bootscanning analysis, using different tools. Was also undertaken an analysis of aminoacidic sequences of both regions in order to observe the degree of conservation or disruption of structural and functional domains of HIV-1. Thus, we found a prevalence of 15.8% for HIV-1 and 4.2% for HIV-2 in the study group, which is according with the decline of HIV-2 reported in the country. Pure subtypes were not detected and most forms were classified as viral genetic forms A/G. We also identified complex forms A/G with involvement of other subtypes, such as B, C, H and J, indicating a greater genetic diversity in relation to what was described in Guinea-Bissau. The analysis of the V3-V5 region and Nef protein revealed a conservation of functional motifs, reflecting their importance along the infection. Some "natural" polymorphisms were observed that may be associated with non-B viral forms, often observed in sequences of subtype G and in CRF02_AG, and CRF01_AE. Further in vitro studies, together with clinical information of the infected individuals, can determine whether the differences between CRF/subtypes will affect the progression of infection