Evaluation de l'impact des pratiques agricoles sur l'abondance et la diversité des communautés microbiennes du sol

Rapport de stage de Master 1, Spécialité Sciences de l'Environnement EA GenoSol CT?Les sols assurent des fonctions fondamentales (alimentation, support, réservoir de diversité…) et sont de plus en plus fortement sollicités par les activités humaines, en particulier l’agriculture. Leur gestion est un enjeu majeur pour l’humanité car ces ressources ne sont pas renouvelables, et il est actuellement nécessaire de modifier nos pratiques culturales en vue d'une agriculture durable. Afin d’évaluer l’impact des pratiques agricoles il existe de nombreux bioindicateurs (macro, méso et microfaunes) dont les bioindicateurs microbiens, sensibles aux changements de modes d'usage des sols de part leurs implications dans les cycles biogéochimiques et la décomposition de la matière organique. Dans ce contexte, mon stage a consisté à déterminer l’impact de différentes pratiques agricoles sur les communautés microbiennes telluriques en termes d’abondance et de diversité. Pour cela des prélèvements ont été réalisés sur 20 parcelles d’un même site expérimental pendant quatre années. Ces parcelles présentaient 5 traitements différents de par le travail du sol mais aussi la restitution des résidus de culture et la fertilisation azotée. La biomasse microbienne ainsi que les densités bactériennes et fongiques ont été quantifiées à l’aide de techniques de biologie moléculaire. Il a ainsi été mis en évidence une tendance au développement microbien face à un travail réduit du sol, à une restitution des résidus et un apport d’azote. Tous ces éléments contribueraient donc à la fertilité des sols. En revanche, le labour nous montre une hétérogénéité des biomasses dans le temps. Ces informations pourront servir à mettre au point des systèmes innovants et participer au maintien d'une agriculture durable