Diversités génétiques chez l’holobiote Anemonia viridis : des morphotypes de l’hôte à la différenciation symbiotique

What is an individual ? This apparently naive question is actually the first step of studies of population genetics and evolutionary biology, but is non-trivial in symbiotic organisms. The interaction among a host and its symbiotic micro-organisms can influence the development, the reproduction and the adaptative capacities of the holobiont and the evolutives trajectories of species. If we want to understand these interactions, we have to decipher the complexity of symbiotic interactions by characterizing the different partners and to measure the role of each partner in the proper functioning of the holobiont. In Anemonia viridis (as in many other Cnidarians), the animal hosts can live in mutualistic symbiosis with photosynthetic Dinoflagellates belonging to the Symbiodiniaceae family (with one Symbiodiniaceae clade for A. viridis). This anemone displays different colour morphs. To understand the origin of the phenotypic diversity but also to measure the associated symbiotic diversity, we genotyped sea anemones from English Channel and Mediterranean Sea with RAD sequencing (for the animal host) and targeted markers, the ITS2 and microsatellite markers (for the symbionts). Our studies revealed several sympatric host genetic lineages which were not congruent with the morphological differentiation. In addition, the symbiotic diversity was not correlated with host genetic lineages but with the sampling location of sea anemones. These results revealed that A. viridis is actually a species complex with both intergenerational vertical transmission and probably an additional horizontal acquisition of Symbiodiniaceae. Because A. viridis shows a dynamic symbiosis, selection can act independently on both the symbiotic composition and the host. This makes A. viridis an interesting laboratory model to understand adaptative capacities in an holobiont.Qu’est-ce qu’un individu ? Cette question est un prérequis pour toutes les études en génétique des populations et en biologie évolutive, mais elle est loin d’être naïve dès que l’on prend en compte les relations symbiotiques. Les interactions entre un hôte et ses micro-organismes symbiotiques peuvent conditionner le développement, la reproduction, les capacités adaptatives de l’holobiote qu’ils constituent et donc la trajectoire évolutive de l’espèce. Comprendre ces interactions, c’est appréhender la complexité des interactions symbiotiques et donc caractériser ces différents partenaires et élucider l’implication de chaque partenaire dans le fonctionnement de l’holobiote. Chez les Cnidaires, comme l’anémone de mer Anemonia viridis, les hôtes animaux peuvent établir une symbiose mutualiste avec des Dinoflagellés photosynthétiques de la famille des Symbiodiniacées (avec un seul clade de Symbiodiniacées pour A. viridis). Cette anémone de mer tempérée présente différents morphes caractérisés par la couleur des tentacules. Afin de comprendre la nature de cette diversité phénotypique et mesurer la diversité symbiotique associée chez A. viridis, nous avons génotypé des anémones de Manche et de Méditerranée à l’aide de séquençage RAD (pour l’hôte animal) et de marqueurs ciblés, ITS2 et microsatellites (pour les symbiotes). Nos études ont permis de mettre en évidence l’existence de plusieurs lignées génétiques différenciées en sympatrie chez l’hôte animal, mais qui ne sont pas congruentes avec la différenciation morphologique. La composition des populations de symbiotes in hospite quant à elle n’est pas corrélée avec ces lignées hôtes mais structurées par l’origine géographique des anémones. Ces résultats révèlent qu’A. viridis telle que décrite à l’heure actuelle correspond un complexe d’espèces qui, en plus d’hériter verticalement leurs symbiotes, semblent capables également de les acquérir horizontalement. Cette symbiose dynamique implique que la sélection puisse agir indépendamment aussi bien sur la composition symbiotique que sur l’hôte ; et fait d’A. viridis un excellent modèle pour comprendre les capacités adaptatives d’un holobiote