Mise à jour de la classification du groupe<em> Pseudomonas syringae</em> et des outils simples et rapides d'identification

National audiencePseudomonas syringae est agent phytopathogène-environnemental reconnu comme modèle remarquable. Nous avons isolé cette bactérie phytopathogène bien au-delà des zones d’agriculture, dans de nombreux substrats sur plusieurs continents constituant une collection unique au monde (>7000 souches). Une classification de cette bactérie intégrant toute la diversité et délimitant clairement les frontières est nécessaire. Les hybridations ADN/ADN et le séquençage de génomes trop lourds, les phénotypes peu fiables, et le concept de pathovar inopérant, nous conduisent à utiliser le typage MLST pour cette classification qui délimite actuellement 24 clades au sein d’au moins 14 phylogroupes. La robustesse du résultat est confirmée par les données de génomique. Pour chaque phylogroupe, les phénotypes reliés au pouvoir pathogène ont été caractérisés. A partir de ces données génotypiques et phénotypiques, les spécificités des phylogroupes ont été déterminées et un système de classification extensible à d’éventuels nouveaux groupes a été proposé. Un outil simple d’identification par analyse d’un seul gène de ménage est proposé (Berge et al. 2014). Grâce à la génomique comparative, nous avons développé des PCR spécifiques permettant l’identification au groupe P. syringae entier (Guilbaud et al.) et aux phylogroupes (Borschinger et al.) pour un crible moyen-débit de P. syringae permettant d’établir la structure des populations sur de nombreux échantillons. Cette classification nous permet d’aborder des questions sur l’écologie des agents phytopathogènes et leur stratégie d’adaptation dans différents environnements