Contribution à une approche intégrée pour la prévention de la flavobactériose dans les élevages de truites arc-en-ciel

Flavobacterium psychrophilum is the causative agent of cold water disease or the rainbow troutfry syndrome which causes important economic losses in rainbow trout breedings. During this thesis,we firstly developed a new duplex Taqman qPCR test which targets the following genes (i) F.psychrophilum adnr16S and (ii) rainbow trout β-actine. This test enables to obtain the infection rate ofcontaminated tissues, during a same analysis.Then, we tried to objectivize three preventive approaches which could be implemented inbreedings to limit the infection by F. psychrophilum. The characterization of biocides used inaquaculture allowed proposing to the fish farmers effective methods of disinfection against F.psychrophilum. These methods do not affect the development of eggs or future fish larva. Moreover,the impact of the implementation of probiotics on the surface of eggs, on the surface of the mucusand/or the digestive system, from the very first steps of trout development has been characterized onthe number and the intensity of flavobacteriosis outbreaks in the breeding farms. Two probiotictreatments were selected: l’E112® (DOXAL-FRANCE, Pessac) and Bactocell® (LALLEMAND, Toulouse).Finally, three vaccine preparations (« Adjuvant », « Auto-vaccine » and « Outer Membrane ») wereprepared and tested for their capability to protect farmed fish against flavobacteriosis.Flavobacterium psychrophilum est le pathogène de la maladie de l’eau froide ou du syndromede l’alevin qui provoque des pertes économiques importantes dans les élevages de truite arc-en-cielen Aquitaine. Au cours de cette thèse, nous avons développé dans un premier temps un nouveau testqPCR TaqMan en duplex qui cible les gènes (i) adnr16S de F. psychrophilum et (ii) β-actine de latruite arc-en-ciel ; il permet de déterminer le taux d’infection de tissus contaminés au cours d’unemême analyse.Dans un second temps, nous avons cherché à objectiver trois approches préventives quipourraient être mises en oeuvre pour limiter l’infection à F. psychrophilum dans les élevages. Lacaractérisation de biocides classiquement utilisés par la filière aquacole a permis de proposer auxaquaculteurs des méthodes de désinfection réellement efficaces contre F. psychrophilum mais quin’affectent pas le développement des oeufs ni des futurs alevins. En parallèle, l’impact de la mise enplace de traitement probiotiques a été caractérisé à la surface des oeufs, à la surface du mucus et/oule long du système digestif, dès les tout premiers stades de développement des truites, sur le nombreet l’intensité des crises de flavobactériose dans les élevages. Deux traitements microbiens ont étéretenus : l’E112® (DOXAL-FRANCE, Pessac) et le Bactocell® (LALLEMAND, Toulouse). Enfin, troispréparations vaccinales ont été préparées (« Adjuvant », « Autovaccin » et « Membrane Externe ») ettestées pour leur capacité à protéger les poissons de la flavobactériose