Perspective on Oncogenic Processes at the End of the Beginning of Cancer Genomics
- Ding L.
- Bailey M. H.
- Porta-Pardo E.
- Thorsson V.
- Colaprico A.
- Bertrand D.
- Gibbs D. L.
- Weerasinghe A.
- Huang K. -L.
- Tokheim C.
- Cortes-Ciriano I.
- Jayasinghe R.
- Chen F.
- Yu L.
- Sun S.
- Olsen C.
- Kim J.
- Taylor A. M.
- Cherniack A. D.
- Akbani R.
- Suphavilai C.
- Nagarajan N.
- Stuart J. M.
- Mills G. B.
- Wyczalkowski M. A.
- Vincent B. G.
- Hutter C. M.
- Zenklusen J. C.
- Hoadley K. A.
- Wendl M. C.
- Shmulevich L.
- Lazar A. J.
- Wheeler D. A.
- Getz G.
- Caesar-Johnson S. J.
- Demchok J. A.
- Felau I.
- Kasapi M.
- Ferguson M. L.
- Sofia H. J.
- Tarnuzzer R.
- Wang Z.
- Yang L.
- Zhang J. J.
- Chudamani S.
- Liu J.
- Lolla L.
- Naresh R.
- Pihl T.
- Sun Q.
- Wan Y.
- Wu Y.
- Cho J.
- DeFreitas T.
- Frazer S.
- Gehlenborg N.
- Heiman D. I.
- Lawrence M. S.
- Lin P.
- Meier S.
- Noble M. S.
- Saksena G.
- Voet D.
- Zhang H.
- Bernard B.
- Chambwe N.
- Dhankani V.
- Knijnenburg T.
- Kramer R.
- Leinonen K.
- Liu Y.
- Miller M.
- Reynolds S.
- Shmulevich I.
- Zhang W.
- Broom B. M.
- Hegde A. M.
- Ju Z.
- Kanchi R. S.
- Korkut A.
- Li J.
- Liang H.
- Ling S.
- Liu W.
- Lu Y.
- Ng K. -S.
- Rao A.
- Ryan M.
- Wang J.
- Weinstein J. N.
- Zhang J.
- Abeshouse A.
- Armenia J.
- Chakravarty D.
- Chatila W. K.
- de Bruijn I.
- Gao J.
- Gross B. E.
- Heins Z. J.
- Kundra R.
- La K.
- Ladanyi M.
- Luna A.
- Nissan M. G.
- Ochoa A.
- Phillips S. M.
- Reznik E.
- Sanchez-Vega F.
- Sander C.
- Schultz N.
- Sheridan R.
- Sumer S. O.
- Sun Y.
- Taylor B. S.
- Anur P.
- Peto M.
- Spellman P.
- Benz C.
- Wong C. K.
- Yau C.
- Hayes D. N.
- Parker J. S.
- Wilkerson M. D.
- Ally A.
- Balasundaram M.
- Bowlby R.
- Brooks D.
- Carlsen R.
- Chuah E.
- Dhalla N.
- Holt R.
- Jones S. J. M.
- Kasaian K.
- Lee D.
- Ma Y.
- Marra M. A.
- Mayo M.
- Moore R. A.
- Mungall A. J.
- Mungall K.
- Robertson A. G.
- Sadeghi S.
- Schein J. E.
- Sipahimalani P.
- Tam A.
- Thiessen N.
- Tse K.
- Wong T.
- Berger A. C.
- Beroukhim R.
- Cibulskis C.
- Gabriel S. B.
- Gao G. F.
- Ha G.
- Meyerson M.
- Schumacher S. E.
- Shih J.
- Kucherlapati M. H.
- Kucherlapati R. S.
- Baylin S.
- Cope L.
- Danilova L.
- Bootwalla M. S.
- Lai P. H.
- Maglinte D. T.
- Van Den Berg D. J.
- Weisenberger D. J.
- Auman J. T.
- Balu S.
- Bodenheimer T.
- Fan C.
- Hoyle A. P.
- Jefferys S. R.
- Jones C. D.
- Meng S.
- Mieczkowski P. A.
- Mose L. E.
- Perou A. H.
- Perou C. M.
- Roach J.
- Shi Y.
- Simons J. V.
- Skelly T.
- Soloway M. G.
- Tan D.
- Veluvolu U.
- Fan H.
- Hinoue T.
- Laird P. W.
- Shen H.
- Zhou W.
- Bellair M.
- Chang K.
- Covington K.
- Creighton C. J.
- Dinh H.
- Doddapaneni H.
- Donehower L. A.
- Drummond J.
- Gibbs R. A.
- Glenn R.
- Hale W.
- Han Y.
- Hu J.
- Korchina V.
- Lee S.
- Lewis L.
- Li W.
- Liu X.
- Morgan M.
- Morton D.
- Muzny D.
- Santibanez J.
- Sheth M.
- Shinbrot E.
- Wang L.
- Wang M.
- Xi L.
- Zhao F.
- Hess J.
- Appelbaum E. L.
- Bailey M.
- Cordes M. G.
- Fronick C. C.
- Fulton L. A.
- Fulton R. S.
- Kandoth C.
- Mardis E. R.
- McLellan M. D.
- Miller C. A.
- Schmidt H. K.
- Wilson R. K.
- Crain D.
- Curley E.
- Gardner J.
- Lau K.
- Mallery D.
- Morris S.
- Paulauskis J.
- Penny R.
- Shelton C.
- Shelton T.
- Sherman M.
- Thompson E.
- Yena P.
- Bowen J.
- Gastier-Foster J. M.
- Gerken M.
- Leraas K. M.
- Lichtenberg T. M.
- Ramirez N. C.
- Wise L.
- Zmuda E.
- Corcoran N.
- Costello T.
- Hovens C.
- Carvalho A. L.
- de Carvalho A. C.
- Fregnani J. H.
- Longatto-Filho A.
- Reis R. M.
- Scapulatempo-Neto C.
- Silveira H. C. S.
- Vidal D. O.
- Burnette A.
- Eschbacher J.
- Hermes B.
- Noss A.
- Singh R.
- Anderson M. L.
- Castro P. D.
- Ittmann M.
- Huntsman D.
- Kohl B.
- Le X.
- Thorp R.
- Andry C.
- Duffy E. R.
- Lyadov V.
- Paklina O.
- Setdikova G.
- Shabunin A.
- Tavobilov M.
- McPherson C.
- Warnick R.
- Berkowitz R.
- Cramer D.
- Feltmate C.
- Horowitz N.
- Kibel A.
- Muto M.
- Raut C. P.
- Malykh A.
- Barnholtz-Sloan J. S.
- Barrett W.
- Devine K.
- Fulop J.
- Ostrom Q. T.
- Shimmel K.
- Wolinsky Y.
- Sloan A. E.
- De Rose A.
- Giuliante F.
- Goodman M.
- Karlan B. Y.
- Hagedorn C. H.
- Eckman J.
- Harr J.
- Myers J.
- Tucker K.
- Zach L. A.
- Deyarmin B.
- Hu H.
- Kvecher L.
- Larson C.
- Mural R. J.
- Somiari S.
- Vicha A.
- Zelinka T.
- Bennett J.
- Iacocca M.
- Rabeno B.
- Swanson P.
- Latour M.
- Lacombe L.
- Tetu B.
- Bergeron A.
- McGraw M.
- Staugaitis S. M.
- Chabot J.
- Hibshoosh H.
- Sepulveda A.
- Su T.
- Wang T.
- Potapova O.
- Voronina O.
- Desjardins L.
- Mariani O.
- Roman-Roman S.
- Sastre X.
- Stern M. -H.
- Cheng F.
- Signoretti S.
- Berchuck A.
- Bigner D.
- Lipp E.
- Marks J.
- McCall S.
- McLendon R.
- Secord A.
- Sharp A.
- Behera M.
- Brat D. J.
- Chen A.
- Delman K.
- Force S.
- Khuri F.
- Magliocca K.
- Maithel S.
- Olson J. J.
- Owonikoko T.
- Pickens A.
- Ramalingam S.
- Shin D. M.
- Sica G.
- Van Meir E. G.
- Zhang H.
- Eijckenboom W.
- Gillis A.
- Korpershoek E.
- Looijenga L.
- Oosterhuis W.
- Stoop H.
- van Kessel K. E.
- Zwarthoff E. C.
- Calatozzolo C.
- Cuppini L.
- Cuzzubbo S.
- DiMeco F.
- Finocchiaro G.
- Mattei L.
- Perin A.
- Pollo B.
- Chen C.
- Houck J.
- Lohavanichbutr P.
- Hartmann A.
- Stoehr C.
- Stoehr R.
- Taubert H.
- Wach S.
- Wullich B.
- Kycler W.
- Murawa D.
- Wiznerowicz M.
- Chung K.
- Edenfield W. J.
- Martin J.
- Baudin E.
- Bubley G.
- Bueno R.
- De Rienzo A.
- Richards W. G.
- Kalkanis S.
- Mikkelsen T.
- Noushmehr H.
- Scarpace L.
- Girard N.
- Aymerich M.
- Campo E.
- Gine E.
- Guillermo A. L.
- Van Bang N.
- Hanh P. T.
- Phu B. D.
- Tang Y.
- Colman H.
- Evason K.
- Dottino P. R.
- Martignetti J. A.
- Gabra H.
- Juhl H.
- Akeredolu T.
- Stepa S.
- Hoon D.
- Ahn K.
- Kang K. J.
- Beuschlein F.
- Breggia A.
- Birrer M.
- Bell D.
- Borad M.
- Bryce A. H.
- Castle E.
- Chandan V.
- Cheville J.
- Copland J. A.
- Farnell M.
- Flotte T.
- Giama N.
- Ho T.
- Kendrick M.
- Kocher J. -P.
- Kopp K.
- Moser C.
- Nagorney D.
- O'Brien D.
- O'Neill B. P.
- Patel T.
- Petersen G.
- Que F.
- Rivera M.
- Roberts L.
- Smallridge R.
- Smyrk T.
- Stanton M.
- Thompson R. H.
- Torbenson M.
- Yang J. D.
- Zhang L.
- Brimo F.
- Ajani J. A.
- Gonzalez A. M. A.
- Behrens C.
- Bondaruk J.
- Broaddus R.
- Czerniak B.
- Esmaeli B.
- Fujimoto J.
- Gershenwald J.
- Guo C.
- Logothetis C.
- Meric-Bernstam F.
- Moran C.
- Ramondetta L.
- Rice D.
- Sood A.
- Tamboli P.
- Thompson T.
- Troncoso P.
- Tsao A.
- Wistuba I.
- Carter C.
- Haydu L.
- Hersey P.
- Jakrot V.
- Kakavand H.
- Kefford R.
- Lee K.
- Long G.
- Mann G.
- Quinn M.
- Saw R.
- Scolyer R.
- Shannon K.
- Spillane A.
- Stretch J.
- Synott M.
- Thompson J.
- Wilmott J.
- Al-Ahmadie H.
- Chan T. A.
- Ghossein R.
- Gopalan A.
- Levine D. A.
- Reuter V.
- Singer S.
- Singh B.
- Tien N. V.
- Broudy T.
- Mirsaidi C.
- Nair P.
- Drwiega P.
- Miller J.
- Smith J.
- Zaren H.
- Park J. -W.
- Hung N. P.
- Kebebew E.
- Linehan W. M.
- Metwalli A. R.
- Pacak K.
- Pinto P. A.
- Schiffman M.
- Schmidt L. S.
- Vocke C. D.
- Wentzensen N.
- Worrell R.
- Yang H.
- Moncrieff M.
- Goparaju C.
- Melamed J.
- Pass H.
- Botnariuc N.
- Caraman I.
- Cernat M.
- Chemencedji I.
- Clipca A.
- Doruc S.
- Gorincioi G.
- Mura S.
- Pirtac M.
- Stancul I.
- Tcaciuc D.
- Albert M.
- Alexopoulou I.
- Arnaout A.
- Bartlett J.
- Engel J.
- Gilbert S.
- Parfitt J.
- Sekhon H.
- Thomas G.
- Rassl D. M.
- Rintoul R. C.
- Bifulco C.
- Tamakawa R.
- Urba W.
- Hayward N.
- Timmers H.
- Antenucci A.
- Facciolo F.
- Grazi G.
- Marino M.
- Merola R.
- de Krijger R.
- Gimenez-Roqueplo A. -P.
- Piche A.
- Chevalier S.
- McKercher G.
- Birsoy K.
- Barnett G.
- Brewer C.
- Farver C.
- Naska T.
- Pennell N. A.
- Raymond D.
- Schilero C.
- Smolenski K.
- Williams F.
- Morrison C.
- Borgia J. A.
- Liptay M. J.
- Pool M.
- Seder C. W.
- Junker K.
- Omberg L.
- Dinkin M.
- Manikhas G.
- Alvaro D.
- Bragazzi M. C.
- Cardinale V.
- Carpino G.
- Gaudio E.
- Chesla D.
- Cottingham S.
- Dubina M.
- Moiseenko F.
- Dhanasekaran R.
- Becker K. -F.
- Janssen K. -P.
- Slotta-Huspenina J.
- Abdel-Rahman M. H.
- Aziz D.
- Bell S.
- Cebulla C. M.
- Davis A.
- Duell R.
- Elder J. B.
- Hilty J.
- Kumar B.
- Lang J.
- Lehman N. L.
- Mandt R.
- Nguyen P.
- Pilarski R.
- Rai K.
- Schoenfield L.
- Senecal K.
- Wakely P.
- Hansen P.
- Lechan R.
- Powers J.
- Tischler A.
- Grizzle W. E.
- Sexton K. C.
- Kastl A.
- Henderson J.
- Porten S.
- Waldmann J.
- Fassnacht M.
- Asa S. L.
- Schadendorf D.
- Couce M.
- Graefen M.
- Huland H.
- Sauter G.
- Schlomm T.
- Simon R.
- Tennstedt P.
- Olabode O.
- Nelson M.
- Bathe O.
- Carroll P. R.
- Chan J. M.
- Disaia P.
- Glenn P.
- Kelley R. K.
- Landen C. N.
- Phillips J.
- Prados M.
- Simko J.
- Smith-McCune K.
- VandenBerg S.
- Roggin K.
- Fehrenbach A.
- Kendler A.
- Sifri S.
- Steele R.
- Jimeno A.
- Carey F.
- Forgie I.
- Mannelli M.
- Carney M.
- Hernandez B.
- Campos B.
- Herold-Mende C.
- Jungk C.
- Unterberg A.
- von Deimling A.
- Bossler A.
- Galbraith J.
- Jacobus L.
- Knudson M.
- Knutson T.
- Ma D.
- Milhem M.
- Sigmund R.
- Godwin A. K.
- Madan R.
- Rosenthal H. G.
- Adebamowo C.
- Adebamowo S. N.
- Boussioutas A.
- Beer D.
- Giordano T.
- Mes-Masson A. -M.
- Saad F.
- Bocklage T.
- Landrum L.
- Mannel R.
- Moore K.
- Moxley K.
- Postier R.
- Walker J.
- Zuna R.
- Feldman M.
- Valdivieso F.
- Dhir R.
- Luketich J.
- Pinero E. M. M.
- Quintero-Aguilo M.
- Carlotti C. G.
- Dos Santos J. S.
- Kemp R.
- Sankarankuty A.
- Tirapelli D.
- Catto J.
- Agnew K.
- Swisher E.
- Creaney J.
- Robinson B.
- Shelley C. S.
- Godwin E. M.
- Kendall S.
- Shipman C.
- Bradford C.
- Carey T.
- Haddad A.
- Moyer J.
- Peterson L.
- Prince M.
- Rozek L.
- Wolf G.
- Bowman R.
- Fong K. M.
- Yang I.
- Korst R.
- Rathmell W. K.
- Fantacone-Campbell J. L.
- Hooke J. A.
- Kovatich A. J.
- Shriver C. D.
- DiPersio J.
- Drake B.
- Govindan R.
- Heath S.
- Ley T.
- Van Tine B.
- Westervelt P.
- Rubin M. A.
- Lee J. I.
- Aredes N. D.
- Mariamidze A.
Publication date
January 2018
DOIAbstract
The Cancer Genome Atlas (TCGA) has catalyzed systematic characterization of diverse genomic alterations underlying human cancers. At this historic junction marking the completion of genomic characterization of over 11,000 tumors from 33 cancer types, we present our current understanding of the molecular processes governing oncogenesis. We illustrate our insights into cancer through synthesis of the findings of the TCGA PanCancer Atlas project on three facets of oncogenesis: (1) somatic driver mutations, germline pathogenic variants, and their interactions in the tumor; (2) the influence of the tumor genome and epigenome on transcriptome and proteome; and (3) the relationship between tumor and the microenvironment, including implications for...
Add to ORKG