Identificação e caracterização de repetições de seqüências simples (microssatélites) e de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNP) em Trypanosoma rangeli e suas implicaçoes no estudo da estrutura populacional do parasito

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2009.O presente estudo realizou a identificação e análise de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNP) no gene do mini-exon (spliced leader) e na região intergênica do gene da histona H2A, e de sequências repetitivas (microssatélites) em formas epimastigotas e tripomastigotas das cepas SC-58 e Choachí de T. rangeli. Para a análise de microssatélites três abordagens foram utilizadas: a pesquisa em bibliotecas de EST/ORESTES (Expressed Sequence Tags/Expressed Sequence Tags), a pesquisa em bibliotecas genômicas geradas pela metodologia PIMA e a amplificação via PCR de loci previamente identificados em outras espécies. Os microssatélites identificados foram avaliados quanto à abundância, frequência e viabilidade como marcadores genéticos. Os loci identificados por PCR foram avaliados através da genotipagem de 20 cepas e dois clones de T. rangeli. A ocorrência de SNP foi investigada através da clonagem e sequenciamento do produto de amplificação do gene do spliced leader e da região intergênica do gene da histona H2A de formas epimastigotas de diferentes cepas de T. rangeli. Os resultados obtidos com estes marcadores permitiram o estudo da estrutura populacional do T. rangeli, gerando análises filogenéticas consistentes. Os resultados demonstram que o T. rangeli, assim como o T. cruzi, apresenta uma estrutura populacional predominantemente clonal, e a subdivisão populacional pode ser em parte explicada pela classificação nas linhagens KP1+ e KP1-. Uma subdivisão da população KP1- foi detectada e confirmada utilizando os marcadores microssatélites identificados, sugerindo eventos recentes de evolução, provavelmente influenciados pela troca de hospedeiros durante o ciclo de vida, pela localização geográfica e/ou por uma co-evolução do parasito com suas espécies vetores simpátricas. Novas sequências tipo EST (Expressed Sequence Tags), ORESTES (Open Reading Frame EST) e GSS (Genome Survey Sequences) do T. rangeli foram geradas no âmbito do presente estudo. A análise destas sequências, assim como a análise dos microssatélites e de SNP, trará novas perspectivas para compreensão do desconhecido ciclo do parasito em seus hospedeiros mamiferos, assim como para o diagnóstico específico de infecções causadas por T. cruzi e/ou T. rangeli