Homologous Gene Finding

Tato diplomová práce se zabývá problematikou homologních genů a popisem molekulárně biologických databází, které slouží k jejich vyhledávání a vzájemnému porovnávání. Mezi nejdůležitější instituce, které se zabývají správou dat a jejich analýzou, patří EBI, NCBI a CIB. Pro vyhledávání homologních genů je nejzásadnější NCBI – Národní centrum pro biotechnologické informace. Bližší pozornost je věnována vyhledávacím algoritmům homologních genů jako jsou například blastn a PatternHunter. Praktická část této diplomové práce je pak realizace algoritmu srovnávajícího dvě sekvence a nacházejícího homologní geny, a to jak na základě sekvence nukleotidů, tak aminokyselin. Výsledky z vytvořeného programu budou dále konfrontovány s výsledky z komerčně dostupných programů.This diploma thesis deals with the description of homologous genes and molecular biological databases that are used for their search and allow comparison. Among the most important institutions that deal with data management and analysis, include the EBI, NCBI and CIB. For searching homologous genes is the most fundamental NCBI - National Center for Biotechnology Information. More attention is paid to the search algorithms of homologous genes such as BLASTN and PatternHunter. The practical part of this thesis is the implementation of the algorithm comparing two sequences and locating homologous genes. The comparison is made on the basis of the nucleotide sequence and amino acid sequence. The results generated from the program will be further compared with results from commercially available programs.